Le terme dans la terminologie religieuse japonaise renvoie à une théorie largement acceptée jusqu'à l'ère Meiji selon laquelle des divinités bouddhistes indiennes ont choisi d'apparaître au Japon comme des kamis natifs, afin de plus facilement convertir et sauver les Japonais. Cette théorie affirme que certains kamis (mais pas tous) ne sont en fait que des manifestations locales (le , littéralement, une « trace ») de divinités bouddhistes (le , littéralement, « terre d'origine »). Les deux entités forment un tout indivisible appelé gongen et, en théorie, devraient avoir un statut égal, mais dans l'histoire cela n'a pas toujours été le cas. Au début de l'époque de Nara par exemple, le honji est jugé plus important, et ce n'est que plus tard que les deux en viennent à être considérés comme égaux. Au cours de la fin de l'époque de Kamakura il est même proposé que les kamis sont les divinités d'origine et les bouddhas leurs manifestations (voir la section Honji suijaku inversé ci-dessous).
La théorie n'a jamais été systématisée, mais n'en est pas moins très répandue et très influente. Elle est considérée comme la clé de voûte de l'édifice du shinbutsu shūgō (harmonisation des divinités bouddhistes et des kamis japonais).
vignette|250 px|Un mandala montrant des divinités bouddhiques et leurs homologues kamis.
Les premiers moines bouddhistes ne doutent pas de l'existence des kamis mais les considèrent inférieurs à leurs bouddhas. Les divinités hindoues ont déjà connu le même accueil : elles sont considérées comme non éclairées et prisonnières du samsara. Les allégations bouddhistes de supériorité rencontrent cependant des résistances et les moines essayent de les surmonter en intégrant délibérément des kamis dans leur système. Les bouddhistes japonais eux-mêmes veulent en quelque sorte donner aux kamis un statut d'égalité. Pour ce faire, plusieurs stratégies sont développées et utilisées, et l'une d'elles est précisément la théorie du honji suijaku.
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vignette|Kitsune (renards) sacrés et kami Inari shinto, un torii, une tō (pagode de pierre) et des figurines bouddhistes ensemble au Jōgyō-ji de Kamakura. Le , aussi appelé , terme qui a cependant une connotation négative d'abâtardissement et de caractère aléatoire, désigne le syncrétisme du bouddhisme et du culte des kamis shinto qui est la religion du Japon jusqu'à l'ère Meiji. Quand le bouddhisme est introduit en provenance de Chine à la fin de la période Asuka (), plutôt que de rejeter le vieux système de croyances, les Japonais tentent de le concilier avec le nouveau, en supposant que les deux sont vrais.
vignette|290px|Pratiquants du shugendō dans les monts Kumano. Le est une tradition spirituelle millénaire japonaise (fortement influencée par le bouddhisme Vajrayana) où la relation entre l'homme et la nature est primordiale. signifie littéralement , ou voie de l'acquisition de la siddhi. Il porte sur l'ascétisme, la vie en montagne et inclut des enseignements d'autres philosophies orientales (animisme, shintoïsme, taoïsme, confucianisme). Le but du shugendō est le développement d'expériences de pouvoirs spirituels (gen) par la pratique (dō) vertueuse de l'ascèse (shu).
vignette|240px|Le Kinkaku-ji à Kyoto. Le a été importé de Chine et de Corée à partir des et s ; il est donc fortement influencé par les bouddhismes chinois et coréen, mais aussi par le shintoïsme, principale religion du Japon née plusieurs siècles auparavant. On peut diviser son histoire en trois grands moments: l’époque de Nara (jusqu'en 784), l’époque de Heian (794-1185) et la période post-Heian (à partir de 1185, début de l’époque de Kamakura).