vignette|240px|Le Kinkaku-ji à Kyoto.
Le a été importé de Chine et de Corée à partir des et s ; il est donc fortement influencé par les bouddhismes chinois et coréen, mais aussi par le shintoïsme, principale religion du Japon née plusieurs siècles auparavant.
On peut diviser son histoire en trois grands moments: l’époque de Nara (jusqu'en 784), l’époque de Heian (794-1185) et la période post-Heian (à partir de 1185, début de l’époque de Kamakura). Chacune de ces périodes a vu l'introduction de nouvelles doctrines ou l'évolution d'écoles existantes, relevant de l'un ou l’autre des trois grands courants du bouddhisme : hīnayāna, (voie du Petit Véhicule), mahāyāna (voie du Grand Véhicule), vajrayāna (voie du Diamant).
vignette|240px|Tōdai-ji, le plus haut temple de Kegon.
Il existe aujourd'hui treize du bouddhisme au Japon, classées d'après leur époque d'apparition :
Époque de Nara :
Hossō (école chinoise Faxiang zhong, Dharmalaksana, caractéristiques des Dharmas)
Kegon (école chinoise Huayan, traduit par guirlande de fleurs ou stricte quintessence), de l'Ornementation Fleurie
Ritsu, école chinoise Lüzong, dite école des Préceptes
Époque de Heian :
Tendai, école du Mont Tiantai (montagne chinoise de la province du Zhejiang où se situe le temple fondateur) fondée en 806.
Shingon, (Bouddhisme vajrayāna, ou bouddhisme tantrique) école de la Parole vraie (mantra en sanskrit, conservé en japonais) appelée parfois aussi dharani shu (école des dharanis) fondée en 810.
Époque de Kamakura :
Bouddhisme de Nichiren ou Hōkke shū (fondée en 1253): « école du Lotus », (Hō : la Loi, Ge : la fleur), école du moine Nichiren (« Soleil-Lotus »), se référant au Sûtra du Lotus de Shakyamuni et aux commentaires qu’en avaient fait Zhiyi de l'école Tiantai et Miaole (Zhanran) son disciple, en Chine, puis Saichō (Dengyō Daishi), fondateur du bouddhisme Tendai au Japon.