vignette|250px|Une carte de l'empire britannique indien en 1909, montrant les religions dominantes de la population dans plusieurs districts.
La théorie des deux nations (two-nation theory, دو-قومی نظریہ — Dō-qaumī naẓariyah, devanagari : दो-क़ौमी नज़रिया, দ্বিজাতি তত্ত্ব — Dijati totto) est l'idée que la principale identité et le facteur unificateur des musulmans du sous-continent indien est leur religion, plutôt que leur langue, sans considération pour des caractéristiques ethniques ou autre. La théorie des deux nations fut un principe essentiel du Mouvement pour le Pakistan (dans la conception du Pakistan comme un État-nation musulman en Asie du Sud) et de la partition des Indes en 1947.
L'idée que la religion est le facteur déterminant dans la définition de la nationalité des musulmans indiens était portée par Muhammad Ali Jinnah, qui en parla comme d'un réveil des musulmans pour la création du Pakistan. C'est aussi une source d'inspiration pour plusieurs organisations nationalistes hindous, qui trouvèrent là des causes aussi variées que la redéfinition des musulmans indiens comme étrangers non-indiens et citoyens de deuxième classe en Inde, l'expulsion de tous les musulmans de l'Inde, l'établissement d'un État officiellement hindou en Inde, l'interdiction des conversions à l'islam, et la promotion de la conversion ou reconversion des musulmans indiens à l’hindouisme.
Il existe plusieurs interprétations de la théorie des deux nations, qui divergent sur la possibilité que les nations éventuelles puissent coexister sur un seul territoire ou non, et qui ont ainsi des implications radicalement différentes. L'une de ces interprétations réclame l'autonomie souveraine, y compris le droit de faire sécession, pour les zones à majorité musulmane du sous-continent indien, mais sans aucun transfert de population (c'est-à-dire que les hindous et les musulmans continueraient à vivre ensemble). Une autre interprétation soutient que les hindous et les musulmans constituent « deux modes de vie distincts et fréquemment antagonistes, si bien qu'ils ne peuvent coexister en une même nation.