En linguistique, les termes « racine » et « radical » sont associés. Certains linguistes y voient même des synonymes, d’autant plus qu’en anglais on utilise le terme root comme équivalent des deux, Crystal 2008 mentionnant que le terme radical est parfois utilisé au lieu de root. En effet, les deux termes ont en commun de se référer à un élément de base du mot, dépourvu de tout affixe, dans les langues flexionnelles et les langues agglutinantes. Cependant, au , les deux termes sont distingués dans la terminologie linguistique française selon certaines caractéristiques de l’élément de mot en question. De plus, chacun des deux termes continue d’avoir plusieurs interprétations. Pour certains linguistes, le terme « racine » se réfère à l’histoire des mots, à leur étymologie. La notion de racine a une grande importance dans les études diachroniques visant à reconstituer le proto-indo-européen. Dans ces études, la racine est l’élément de base, le plus ancien de l’histoire d’un mot, reconstitué par la comparaison de ses correspondants dans les langues indo-européennes, en tenant compte de lois phonétiques spécifiques. On est arrivé, par exemple, à la conclusion que le mot sanscrit parayati « mener à travers », celui du grec ancien peirein « passer à travers », le mot latin portare « porter », l’arménien hordan « avancer », le slave ancien pariti « voler », l’ancien anglais faran « aller, voyager » et beaucoup d’autres mots ont tous pour base la racine proto-indo-européenne *per-, dont le sens est « mener quelque part, passer à travers ». La distinction entre racine et radical apparaît déjà dans l’étude des racines indo-européennes. Une telle racine est un symbole hypothétique qui exprime une certaine notion, constitué de deux consonnes, par exemple. La racine est débarrassée de tous les éléments de flexion ou de formation des mots (affixes, etc.), étant irréductible sous cette forme. Une racine de deux consonnes apparaît dans les mots complétée par une voyelle qui diffère dans des variantes de la racine appelées « radicaux ».

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