L'auto-organisation ou autoorganisation est un phénomène par lequel un système s'organise lui-même. Les systèmes physiques, biologiques ou écologiques, sociaux, ont tendance à s'organiser d'eux-mêmes. Il s'agit soit de l'organisation initiale du système lors de son émergence spontanée, soit lorsque le système existe déjà de l'apparition d'une organisation plus ou complexe. L'auto-organisation agit ainsi à l'encontre de l'entropie (on parle alors de néguentropie), qui est une mesure de désordre. L'auto-organisation se produit par des internes et externes au système, au sein de son et avec lui. Elle consomme de l'énergie qui sert ainsi à établir et maintenir le système auto-organisé. L'auto-organisation s'oppose aux cas où un système est organisé ou réorganisé de force de l'extérieur, c'est-à-dire à la violence, aux actes de pouvoir : cela rejoint aussi le contraste entre autonomie et hétéronomie. Typiquement, un système auto-organisé a des propriétés émergentes. Passé un seuil critique de complexité, les systèmes peuvent aussi changer d'état, ou passer d'une phase instable à une phase stable ou inversement. S'ils croissent, leur croissance peut changer de rythme ; on peut observer le passage d'une croissance initiale d'apparence exponentielle à une croissance logistique en cas de diminution des ressources. Les exemples les plus évidents de systèmes auto-organisés sont issus de la physique. C'est d'ailleurs dans ce domaine que le terme est apparu pour la première fois. L'auto-organisation est aussi présente en chimie où elle a souvent été synonyme d'auto-assemblage. Le concept d'auto-organisation est aussi central dans les systèmes biologiques, que ce soit au niveau cellulaire ou social. On trouve encore de nombreux exemples de phénomènes auto-organisés dans d'autres disciplines dont les sciences sociales, l'économie ou encore l'anthropologie. Les automates cellulaires comptent parmi les premiers mécanismes mathématiques proposés pour étudier les systèmes auto-organisés de manière formelle.

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