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Concept

Analyse génétique

Une analyse génétique est une technique d'analyse du génome des cellules d'un organisme. Les analyses génétiques se pratiquent sur tout type d'organisme. Chez les humains elles sont utilisées dans un cadre médical ou juridique (enquêtes criminelles, ou, de façon controversée, immigration). On parle d'ADN récréatif lorsque l'analyse est produite à des fins commerciales, une pratique interdite en France. Différents types d'analyse Ce peut être :

une empreinte génétique pour établir une identité ;
une analyse de l'ADN mitochondrial pour mettre en évidence une filiation mère-enfant ;
un test de paternité ;
un diagnostic génétique pour dépister une éventuelle maladie génétique ou pour évaluer un risque ;
une analyse de génome pour comparer l'ADN en phylogénie moléculaire ;
le sexage ADN consiste à déterminer le sexe d'un individu par analyse d'un gène déterminant le sexe, quand le sexe n'est pas déterminable (cas d'un organisme jeune, notamment).

Techniques

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Privacy Threats and Practical Solutions for Genetic Risk Tests

Erman Ayday, Ludovic Barman, Mohammed-Taha El Graini, Jean-Pierre Hubaux, Jean Louis Raisaro

Recently, several solutions have been proposed to address the complex challenge of protecting individuals’ genetic data during personalized medicine tests. In this short paper, we analyze different privacy threats and propose simple countermeasures for the generic architecture mainly used in the literature. In particular, we present and evaluate a new practical solution against a critical attack of a malicious medical center trying to actively infer raw genetic information of patients.

2015

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Privacy-Preserving Processing of Raw Genomic Data

Erman Ayday, Urs Beda Hengartner, Jean-Pierre Hubaux, Adam Molyneaux, Jean Louis Raisaro

Geneticists prefer to store patients’ aligned, raw genomic data, in addition to their variant calls (compact and summarized form of the raw data), mainly because of the immaturity of bioinformatic algorithms and sequencing platforms. Thus, we propose a privacy-preserving system to protect the privacy of aligned, raw genomic data. The raw genomic data of a patient includes millions of short reads, each comprised of between 100 and 400 nucleotides (genomic letters). We propose storing these short reads at a biobank in encrypted form. The proposed scheme enables a medical unit (e.g., a pharmaceutical company or a hospital) to privately retrieve a subset of the short reads of the patients (which include a definite range of nucleotides depending on the type of the genetic test) without revealing the nature of the genetic test to the biobank. Furthermore, the proposed scheme lets the biobank mask particular parts of the retrieved short reads if (i) some parts of the provided short reads are out of the requested range, or (ii) the patient does not give consent to some parts of the provided short reads (e.g., parts revealing sensitive diseases). We evaluate the proposed scheme to show the amount of unauthorized genomic data leakage it prevents. Finally, we implement the proposed scheme and assess its practicality.

2013

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Privacy-Preserving Processing of Raw Genomic Data

Erman Ayday, Urs Beda Hengartner, Jean-Pierre Hubaux, Adam Molyneaux, Jean Louis Raisaro

Geneticists prefer to store patients' aligned, raw genomic data, in addition to their variant calls (compact and summarized form of the raw data), mainly because of the immaturity of bioinformatic algorithms and sequencing platforms. Thus, we propose a privacy-preserving system to protect the privacy of aligned, raw genomic data. The raw genomic data of a patient includes millions of short reads, each comprised of between 100 and 400 nucleotides (genomic letters). We propose storing these short reads at a biobank in encrypted form. The proposed scheme enables a medical unit (e.g., a pharmaceutical company or a hospital) to privately retrieve a subset of the short reads of the patients (which include a definite range of nucleotides depending on the type of the genetic test) without revealing the nature of the genetic test to the biobank. Furthermore, the proposed scheme lets the biobank mask particular parts of the retrieved short reads if (i) some parts of the provided short reads are out of the requested range, or (ii) the patient does not give consent to some parts of the provided short reads (e.g., parts revealing sensitive diseases). We evaluate the proposed scheme to show the amount of unauthorized genomic data leakage it prevents. Finally, we implement the proposed scheme and assess its practicality.

2013

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BIO-455: Introduction to law and ethics

Le but du cours est de familiariser l'étudiant-e aux notions de base du droit et de l'éthique applicables à la recherche en STV et à son transfert en applications, et de lui fournir les éléments essentiels pour identifier les enjeux juridiques et éthiques dans sa future pratique professionnelle.

BIO-373: Genetics and genomics

The theoretical part of this course covers classical genetics and contemporary genomics. Because bioinformatics has become important for genomic research, the course also includes practical applications to genomic analyses using Python, including group projects.

BIO-491: New tools & research strategies in personalized health

We will define the concept of personalized health, describe the underlying technologies, the technological, legal and ethical challenges that the field faces today, and how they are being met.

Maladie génétique

Une maladie génétique est une maladie due à une ou plusieurs anomalies sur un ou plusieurs chromosomes qui entraînent un défaut de fonctionnement de certaines cellules de l'organisme. Ces cellules f

Cancer

Le cancer est une maladie provoquée par la transformation de cellules qui deviennent anormales et prolifèrent de façon excessive. Ces cellules déréglées finissent parfois par former une masse qu'on

Maladie congénitale

Une maladie congénitale (aussi dite anomalie congénitale) est une maladie, avec ou sans malformation apparue in utero et souvent détectée à la naissance ou plus tard dans la vie (littéralement : « e