Microbial loopThe microbial loop describes a trophic pathway where, in aquatic systems, dissolved organic carbon (DOC) is returned to higher trophic levels via its incorporation into bacterial biomass, and then coupled with the classic food chain formed by phytoplankton-zooplankton-nekton. In soil systems, the microbial loop refers to soil carbon. The term microbial loop was coined by Farooq Azam, Tom Fenchel et al. in 1983 to include the role played by bacteria in the carbon and nutrient cycles of the marine environment.
Marine ecosystemMarine ecosystems are the largest of Earth's aquatic ecosystems and exist in waters that have a high salt content. These systems contrast with freshwater ecosystems, which have a lower salt content. Marine waters cover more than 70% of the surface of the Earth and account for more than 97% of Earth's water supply and 90% of habitable space on Earth. Seawater has an average salinity of 35 parts per thousand of water. Actual salinity varies among different marine ecosystems.
Biologie marinevignette|redresse=1.1|Les écosystèmes marins comptent parmi les plus complexes, les plus répandus et les moins bien connus de notre planète. La biologie marine est l'étude scientifique des organismes et écosystèmes marins, littoraux et estuariens ou d’organismes indirectement liés à l'eau de mer (oiseaux marins par exemple). La biologie marine diffère de l'écologie marine. En écologie marine, les chercheurs se concentrent sur la façon dont les organismes interagissent les uns avec les autres et l'environnement, tandis qu’en biologie marine, les chercheurs étudient l’organisme lui-même.
Cycle du dioxyde de siliciumLe cycle du dioxyde de silicium est le cycle biogéochimique dans lequel le dioxyde de silicium (ou silice) est transféré entre les différents systèmes terrestres. Le silicium est un élément bioessentiel et c'est aussi l'un des éléments les plus abondants sur Terre. Le cycle du dioxyde de silicium a un chevauchement significatif avec le cycle du carbone (cycle carbonate-silicate) et joue un rôle important dans l'enfermement du carbone par le biais de l'altération continentale, de l'exportation biogénique et de l'enfouissement sous forme de limons à l'échelle des temps géologiques.
Herbier marinthumb|upright=1.3|Herbier de posidonies, Posidonia oceanica, en Méditerranée. thumb|upright=1.3|Un herbier de Syringodium isoetifolium à La Réunion : on voit une partie des racines à nu, preuve qu'il s'agit de plantes marines (phanérogames) et non d'algues. thumb|upright=1.3|right|Herbier de Thalassia dans les eaux des côtes de Floride. Les herbiers marins sont des prairies sous-marines qui poussent dans la plupart des mers du globe, en environnement strictement salin. Ils sont composés de plantes à fleurs (phanérogames marines) et non d'algues.
Mangrove forestMangrove forests, also called mangrove swamps, mangrove thickets or mangals, are productive wetlands that occur in coastal intertidal zones. Mangrove forests grow mainly at tropical and subtropical latitudes because mangroves cannot withstand freezing temperatures. There are about 80 different species of mangroves, all of which grow in areas with low-oxygen soil, where slow-moving waters allow fine sediments to accumulate. Many mangrove forests can be recognised by their dense tangle of prop roots that make the trees appear to be standing on stilts above the water.
SynechococcusSynechococcus (du grec synechos(suite) et du grec Kokkos (sphère) est le nom d'un genre de cyanobactéries unicellulaires picoplanctoniques (taille inférieure au micron). Ces bactéries vivent essentiellement en mer, mais certaines espèces vivent en eau douce. Ce genre regroupe les espèces presque les plus abondantes du milieu marin (communément de à cellules par millilitre d'eau de mer, voire localement jusqu'à environ 1 million de cellules/ml), et leur génome serait parmi les plus abondants sur la planète.
Zone photiquethumb|right|250px|Diagramme des couches de la zone pélagique. La zone photique, aussi nommée zone euphotique, zone épipélagique ou couche photique, est la zone aquatique d’un lac ou d’un océan exposée à une lumière suffisante pour que la photosynthèse s'y produise. La profondeur de la zone photique peut être grandement affectée par la turbidité et la latitude. Elle s’étend jusqu’à une profondeur à laquelle l’intensité lumineuse résiduelle correspond à 1 % de celle en surface (également appelée « profondeur euphotique »).
Shunt viralvignette|462x462px| Le flux de DOM et POM à travers le réseau trophique, avec l'emplacement de la voie de dérivation virale. La dérivation virale, ou encore court-circuit ou court-circuitage viral (dit aussi shunt viral, calque de l'anglais viral shunt en anglais) est un mécanisme qui empêche les particules organiques microbiennes marines (POM) de migrer vers les niveaux trophiques, en les recyclant en matière organique dissoute (DOM), laquelle peut être facilement absorbée par les micro-organismes.
Microbiotevignette|Escherichia coli, l'une des espèces bactériennes sous-dominantes du microbiote intestinal. Le microbiote est l'ensemble des micro-organismes vivant dans un environnement spécifique (appelé microbiome) chez un hôte (animal : zoobiote ; végétal : phytobiote ; sol : microbiote tellurique ; air : aérobiote) ou une matière (d'origine animale ou végétale). Ces micro-organismes peuvent être présents sans impact sur leur hôte (commensalisme) ou entrer en interaction étroite avec lui (mutualisme, parasitisme non létal).