Projet de séquençage de génome

Les projets de séquençage de génome sont des projets scientifiques qui ont pour but d'obtenir les séquences complètes des génomes de différents organismes: bactéries, plantes, champignons, animaux, et humain. Ce travail nécessite la séquence de l'ADN de chacun des chromosomes de l'espèce. Pour une bactérie, il n'y a qu'un chromosome à séquencer. Pour l'espèce humaine, qui possède 22 paires de chromosomes et 2 chromosomes sexuels (X et Y), il y a 24 chromosomes à séquencer. Le projet génome humain est abouti depuis 2003. L'assemblage génomique consiste à prendre un grand nombre de séquences d'ADN, qui ont été obtenues par la méthode Whole Genome Shotgun, pour les remettre ensemble et recréer le chromosome original. Dans la méthode Whole Genome Shotgun, l'ADN d'un seul organisme est fragmenté en millions de morceaux. Ceux-ci sont lus par des séquenceurs d'ADN automatiques (qui peuvent déterminer 900 bases par minute). Les quatre bases sont adénine, guanine, cytosine, et thymine, abrégées AGCT. Un logiciel d'algorithme d'assemblage génomique analyse chaque fragment et les aligne tous les uns derrière les autres, en détectant les zones de chevauchement entre les fragments. Si deux séquences se correspondent elles sont considérées comme étant identiques ce qui relie les fragments. L'assemblage génomique peut être problématique pour les informaticiens, car les génomes contiennent des séquences qui se répètent, et ces répétitions peuvent être longues de plusieurs milliers de nucléotides (ou bases) et sur plusieurs endroits du génome. C'est surtout le cas pour les grands génomes des plantes et des animaux. Liste d'espèces dont le génome est séquencé De nombreux organismes sont le sujet de projet de séquençage de génome, déjà abouti ou sur le point de l'être : Le crapaud xénope, Xenopus tropicalis ; Le poisson Oryzias latipes ; Le poisson Takifugu rubipres.