La chimie combinatoire combine (au hasard ou parfois, à ses débuts, puis de manière automatique et codifiée ensuite) des molécules ou structures apparentées pour former des matières à propriétés nouvelles via des synthèses divergentes, par exemple. Elle est née de la génomique et de la protéomique qui cherchent à étudier le fonctionnement du Vivant aux échelles les plus petites, notamment pour trouver de nouvelles cibles thérapeutiques, constituant pour cela des ciblothèques. Cette forme nouvelle de chimie produit des banques de molécules potentiellement actives qu’elle propose à d’autres sciences qui peuvent les tester en espérant y trouver des propriétés intéressantes pour l’industrie, la pharmacie, etc. Dans le domaine de la biochimie, ces molécules peuvent exister dans la nature ou n’ont pas été retenues par elle. Nombre d’entre elles sont très instables ou sont toxiques à court, moyen et long terme pour des cellules, des organes et/ou des organismes ou pour l’Environnement. Parfois elles ne sont pas utiles ou toxiques, mais peuvent le devenir par combinaison avec d’autres ou dans certaines circonstances. Un des enjeux de la biochimie est d’identifier les mécanismes de leur toxicité ou de leur activité biochimique ou enzymatique pour pouvoir automatiquement classer ces molécules pour leur potentiel économique ou d’utilité. Ce domaine suscite des espoirs de progrès et de gains financiers dans les domaines de la chimie, des matériaux et de la pharmacochimie. Hélas ce qui vaut aux niveaux biomoléculaires, ne peut généralement être extrapolé ou adapté aux échelles des écosystèmes caractérisées par des niveaux de complexité bien plus élevés (de plusieurs ordres de grandeur). Les éthiciens alertent légitimement sur des dérives possibles, avec des usages militaires, terroristes ou mafieux (Cf. stupéfiants..). Un autre risque est celui de la privatisation du Vivant par brevetage de molécules existant dans la Nature ou traditionnellement utilisées par des populations locales.

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