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Concept
Super-famille de protéines
Résumé
Une superfamille (ou super-famille) de protéines est le regroupement le plus large (clade) de protéines pour lesquelles il est possible d'identifier un ancêtre commun par homologie. Cet ancêtre commun est généralement déduit par et similitude mécanique, même lorsque aucune similitude entre les séquences n'est détectable. Les super-familles contiennent généralement plusieurs familles de protéines présentant des similitudes de séquences au sein de ces familles. On utilise souvent le terme de clan pour les super-familles de peptidases en fonction de leur classification MEROPS.
Plusieurs méthodes permettent d'identifier les super-familles de protéines.
redresse=2.5|vignette|Alignement de séquences d'histones de mammifères, de haut en bas : homme, souris, rat, vache, chimpanzé. La similitude des séquences implique qu'elles ont évolué par duplication de gènes. Les résidus conservés à travers toutes les séquences sont soulignés en gris ; les types de mutations affectant les autres résidus sont indiqués en dessous des séquences.
Historiquement, l'observation de similitudes entre plusieurs séquences d'acides aminés a été la méthode la plus courantes pour déduire l'existence d'une homologie entre protéines. La similitude entre séquences est considérée être un bon indicateur de parenté entre protéines car de telles similitudes ont davantage de chances d'être le résultat d'une duplication de gènes suivie d'une évolution divergente plutôt qu'être le résultat d'une évolution convergente. La séquence des acides aminés est généralement mieux conservé que la séquence de l'ADN des gènes en raison de la dégénérescence du code génétique, ce qui en fait une méthode de détection plus sensible. La substitution d'un acide aminé par un autre présentant des propriétés semblables (taille, charge électrique, caractère hydrophile ou hydrophobe notamment) est généralement sans effet sur la fonction d'une protéine, de sorte que les séquences les mieux conservées correspondent aux régions qui sont fonctionnellement déterminantes pour une protéine, comme les sites de liaison et le site actif d'une enzyme, car ces régions sont moins tolérantes aux modifications de séquences.
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