La bactérie Clostridium botulinum est un bacille à Gram positif, anaérobie, du genre Clostridium, responsable du botulisme. Clostridium botulinum est une bactérie productrice de spores, qui représentent la forme de résistance de la bactérie. Cette spore peut résister à de faibles traitements thermiques (ex : pasteurisation) et germer (c'est-à-dire donner une cellule métaboliquement active), ce qui peut poser des problèmes en sécurité alimentaire. C. botulinum sécrète une des toxines les plus puissantes du monde vivant. Absorbée par ingestion, cette toxine passe dans le sang et agit en bloquant la transmission neuromusculaire : elle inhibe les neurones moteurs de la contraction musculaire : la toxine provoque une paralysie généralisée flasque (contrairement à la toxine tétanique, qui inhibe les neurones inhibiteurs de la contraction musculaire, induisant ainsi une paralysie généralisée spastique). La toxine est thermolabile et une simple cuisson à ébullition suffit à prévenir les risques. Cette même toxine botulique (ou botulinique) en injection localisée permet de réduire les rides de façon transitoire (deux à trois mois) par paralysie des muscles responsables de ces rides. Botox est le plus connu des noms sous laquelle elle est commercialisée. Assez répandu dans la terre et dans les sédiments aquatiques, parfois présent dans l'intestin de certains animaux (porc : type B, volailles : type D, poissons : type E), Clostridium botulinum est un organisme saprophyte, qui peut toutefois provoquer une maladie grave par la toxine qu'il élabore. Cette toxine se retrouve dans un aliment contaminé et conservé dans des conditions (anaérobiose, température, pH) permettant à C. botulinum de s'y multiplier. C'est donc essentiellement une intoxication alimentaire grave mais rare. Trois particularités sont importantes en fonction de l'épidémiologie du botulisme : il est couramment admis que la bactérie ne pourrait ni croître et ni produire de toxine dans un milieu ayant un pH inférieur à 4,6 (c'est pourquoi les aliments acides ne nécessitent qu'une pasteurisation).

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