Cofacteur (biochimie) | EPFL Graph Search

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thumb|300px|Le complexe succinate déshydrogénase présente plusieurs cofacteurs : flavine, centres fer-soufre et hème. En biochimie, un cofacteur est un composé chimique non protéique mais qui est nécessaire à l'activité biologique d'une protéine, le plus souvent une enzyme. Les cofacteurs interviennent fréquemment dans la réaction catalytique et peuvent être considérés comme des « molécules d'assistance » aidant aux transformations biochimiques. Les cofacteurs peuvent être classés en deux catégories : les ions métalliques et les clusters métalliques. Ces derniers peuvent participer à des réactions d'oxydoréduction et de transfert d'électron, contribuer à la stabilité de la protéine et/ou intervenir dans l'activation de molécules d'eau ; les coenzymes qui sont des molécules organiques pouvant contenir des ions métalliques. Elles sont indispensables à l'activité d'enzymes et peuvent être classées selon leur mode de liaison à l'enzyme : les coenzymes faiblement liés à l'enzyme (liaison hydrogène ou ionique) ; les coenzymes fortement liés à l'enzyme (liaison covalente) seront appelés groupements prosthétiques. Certaines sources limitent l'usage du terme « cofacteur » aux substances inorganiques. Le rôle des ions métalliques est d'interprétation délicate : certains semblent peu importants (Mg2+ dans l'ATP), d'autres sont essentiels et centraux à la réaction enzymatique (Fe2+ ou Fe3+ dans les oxydoréductases) rendant la notion de cofacteur discutable. Certaines enzymes ou certains complexes enzymatiques nécessitent plusieurs cofacteurs, comme le complexe multi-enzymatique pyruvate déshydrogénase. Ce complexe enzymatique au carrefour de la glycolyse et le cycle de Krebs requiert cinq cofacteurs organiques, des groupements prosthétiques la thiamine pyrophosphate (TPP), le lipoamide et la flavine adénine dinucléotide (FAD), des coenzymes libres ou liées faiblement nicotinamide adénine dinucléotide (NAD+) et un coenzyme lié à un substrat le coenzyme A (CoA), et un cofacteur ion métallique (Mg2+).

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Le site actif désigne en catalyse la partie du catalyseur qui va interagir avec le(s) substrat(s) pour former le(s) produit(s). Cette notion concerne tous les types de catalyseurs, mais on l'associe généralement aux enzymes. Le site actif des catalyseurs fait l'objet d'études poussées dans le cadre de la recherche de nouveaux catalyseurs et de l'étude des mécanismes réactionnels en biochimie.. Or, si la structure du site actif est modifié, la catalyse ne peut avoir lieu.

Le nicotinamide adénine dinucléotide (NAD) est une coenzyme présente dans toutes les cellules vivantes. Il s'agit d'un dinucléotide, dans la mesure où la molécule est constituée d'un premier nucléotide, dont la base nucléique est l'adénine, uni à un second nucléotide, dont la base est le nicotinamide. Le NAD existe sous une forme oxydée, notée NAD+, et une forme réduite, notée NADH. Le NAD intervient dans le métabolisme comme transporteur d'électrons dans les réactions d'oxydoréduction, le NAD+ comme oxydant et le NADH comme réducteur.

Un métabolite est un composé organique intermédiaire ou issu du métabolisme. On réserve ce terme en général aux petites molécules et aux monomères, par opposition aux macromolécules. Ainsi, le glucose est un métabolite, contrairement au glycogène, qui est un polysaccharide de poids moléculaire très élevé.