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Concept
Base de données chimiques
Résumé
Une base de données chimiques est une base de données (éventuellement bibliographique) spécifiquement consacrée à l'information chimique. La plupart des bases de données chimiques stockent des informations sur des molécules stables. Les structures chimiques sont traditionnellement représentées dans une représentation de Lewis, qui utilise des lignes pour les liaisons chimiques (paires électroniques) entre atomes, et portées sur papier (formules structurales bidimensionnelles). Bien qu'elles constituent des représentations visuelles adaptées pour le chimiste, elles ne sont pas utilisables pour un usage informatique et plus particulièrement pour la recherche et le stockage.
Les grandes bases de données chimiques devraient être capables d'assurer le stockage et la recherche d'informations sur des millions de molécules (ou autres objets chimiques) sur des téraoctets de mémoire physique.
Il existe deux techniques principales pour représenter les structures chimiques dans les bases numériques :
tables de connexions / matrices d'adjacences / listes avec des informations supplémentaires sur la liaison chimique (arêtes) et données atomiques (nœuds) comme :
PDB, CML
notation linéaire basée sur un parcours en largeur ou un parcours en profondeur :
SMILES/SMARTS, SLN, WLN, InChI
Ces approches ont été raffinées afin de permettre la représentation de différences stéréochimiques, de charges ainsi que des types spéciaux de liaisons comme celles des composés organométalliques. L'avantage principale d'une représentation informatique est la possibilité d'un stockage croissant et d'une recherche rapide et flexible.
Les chimistes peuvent faire une recherche dans les bases en utilisant des parties de structures, des parties des nomenclatures IUPAC ou des contraintes imposées sur les propriétés. Les bases de données chimiques sont particulièrement différentes des autres bases de données plus générales dans leur façon de procéder à la recherche sur des sous-structures.
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