Résumé
La phagothérapie est l'utilisation de virus bactériophages (généralement appelés bactériophages ou simplement phages) lytiques afin de traiter certaines maladies infectieuses d’origine bactérienne. Le traitement bactériophagique a été largement utilisé dans le monde avant la découverte des antibiotiques. Si elle a été progressivement abandonnée par les pays occidentaux séduits par les avantages de l’antibiothérapie, la phagothérapie traditionnelle est toujours employée et développée dans les pays de l'ancienne Union soviétique. alt=Félix d'Hérelle|vignette|Félix d'Hérelle, inventeur de la phagothérapie. Félix d'Hérelle raconte sa découverte dans son autobiographie. En juillet 1915, d'Hérelle est chargé d'étudier une épidémie de dysenterie qui sévissait sur un escadron de dragons. Il reproduit avec les selles des malades une expérience qu'il avait faite avec des bacilles responsables d'une maladie de sauterelles : il filtre sur bougie de porcelaine une émulsion de selles dysentériques dans du bouillon, ce qui élimine les bacilles dysentériques, puis mélange le filtrat avec une culture de bacilles dysentériques. Après quelques heures d'incubation à , il en étale une partie sur la gélose d'une boîte de Petri. À deux reprises, il trouve des taches vierges sur la gélose, comme celles qu'il avait découvertes en cultivant les bactéries des sauterelles. Sans bien comprendre le phénomène des taches vierges, d'Hérelle réussit de temps en temps à le reproduire. Jusqu'à ce qu'il réalise en septembre 1915 que c'est toujours en utilisant le filtrat de la dernière selle avant convalescence naturelle qu'il obtenait des taches vierges. Jusque-là, il avait cru que la cause de ces taches était liée à la maladie ou en était l'origine, mais il réalise que la cause des taches est peut-être liée au contraire à la guérison. Il décide alors de reproduire quotidiennement l'expérience avec les selles d'une malade, ensemençant chaque jour une culture de bacilles bien trouble avec du filtrat du malade.
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Multidisciplinary Investigation of the Gut-Brain Ecosystem in a Model of Alzheimer's Disease

Arielle Louise Planchette

The search for an understanding of the causal elements that lead to neurodegenerative diseases has motivated researchers for decades. Today, Alzheimer's disease is the most prevalent form of dementia and affects approximately fifty million people worldwide, with only 5% of patients carrying causal genetic mutations. In recent years, studies of animal models as well as observations in humans have brought the gut microbiome to the forefront of AD research, as a significant contributor to the development of Alzheimer's disease. In fact, the gut microbiome is now understood to be a modulator of health and disease in numerous areas of physiology, including energy metabolism, immunity, endocrinology, and most relevant to this thesis, brain health and cognition. The gut microbiome is a complex environment composed of symbiotic bacteria, fungi and viruses (the microbiota) that produce a wide range of signalling molecules that are interpreted both by members of the microbiota and by the host (the microbiome). The host-gut interface is an ecosystem that consists of bi-directional signals and pressures applied by both constituents in order to maintain symbiotic homeostasis. Significant deleterious effects on health occur when homeostasis is lost, which may take place due to a variety of factors. These include host genetic factors and environmental factors, such as diet. Modulation of the gut microbiome has become a potentially viable therapeutic avenue for Alzheimer's disease, though it currently remains at the early stage of discovery. In this thesis, I characterize the evolution of Alzheimer's disease in the 5xFAD mouse model, with a focus on the gut microbiome and on cognitive decline and brain biochemistry. Gut microbiota modulaiton was implemented using germ-free and low-complexity bacterial cocktails, in which I outline the effects microbiota modulation on hallmarks of AD and provide insights into the metabolite profile of the brain altered by the microbiota and AD. The work in this thesis was equally motivated by the development of diagnostic tools using microscopy techniques. Biochemical assessments of disease status and progression provide information pertaining to "what" is interacting and "how much" this affects disease. With microscopy, we may gain the additional knowledge of "where" physiological constituents are and how they interact with the surrounding environment. I describe a novel multi-modal microscopy pipeline that enables the observation of signals of interest in large volumes and at high resolution with a capacity to cross-reference regions of interest in both modalities. The pipeline, known as gutOPT, consists of a sample preparation workflow compatible with mesoscale optical projection tomography (OPT) of fluorescently-labelled targets and subsequent imaging of pre-selected regions of interest in high-resolution modalities, such as confocal microscopy.
EPFL2022
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Phagothérapie
La phagothérapie est l'utilisation de virus bactériophages (généralement appelés bactériophages ou simplement phages) lytiques afin de traiter certaines maladies infectieuses d’origine bactérienne. Le traitement bactériophagique a été largement utilisé dans le monde avant la découverte des antibiotiques. Si elle a été progressivement abandonnée par les pays occidentaux séduits par les avantages de l’antibiothérapie, la phagothérapie traditionnelle est toujours employée et développée dans les pays de l'ancienne Union soviétique.
Pathogenic bacteria
Pathogenic bacteria are bacteria that can cause disease. This article focuses on the bacteria that are pathogenic to humans. Most species of bacteria are harmless and are often beneficial but others can cause infectious diseases. The number of these pathogenic species in humans is estimated to be fewer than a hundred. By contrast, several thousand species are part of the gut flora present in the digestive tract.
Traitement (médecine)
En médecine, un traitement, appelé aussi traitement médical, traitement thérapeutique, thérapie ou plus généralement thérapeutique, est un ensemble de mesures appliquées par un professionnel de la santé à une personne vis-à-vis d'une maladie, afin de l'aider à en guérir, de soulager ses symptômes, ou encore d'en prévenir l'apparition. Lorsque ce professionnel décide de ne pas médicaliser une situation qu'il juge ne pas relever de traitement, il s'agit d'abstention thérapeutique (non-initiation d'un traitement ou interruption du traitement appelée retrait ou congé thérapeutique).
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