L'histopathologie est la discipline botanique ou médicale destinée à faire un diagnostic par l'étude microscopique des tissus (vivants ou morts). C'est encore l'outil le plus utilisé en anatomo-pathologie ; en routine pour le diagnostic clinique du cancer et d'autres maladies. Le mot histopathologie vient du grec histos (tissus) et pathos (souffrance). Il renvoie à l'observation à échelle microscopique des tissus vivants ou morts avec pour objectif d'identifier les mécanismes, traces ou indices histologiques de manifestations de maladies (virales ou non). En médecine clinique, l'histopathologie se réfère plus particulièrement à l'examen de biopsies ou d'échantillons chirurgicaux. L'examen histopathologique des tissus commence par un acte de prélèvement de tissu (chirurgie, biopsie ou autopsie). Le tissu est retiré de l'organisme ou de la plante et généralement placé dans un fixatif biocide, qui stabilise le tissu afin de prévenir la décomposition. Le fixatif le plus commun est du formol (10 % de formaldéhyde dilué dans de l'eau). La personne qui prélève l'échantillon veille à ne pas le contaminer par des poussières, microbes ou substances indésirables. L'échantillon de tissu prélevé est préparé par les méthodes de l'histologie de manière à pouvoir être observé au microscope. Il est immergé dans un conteneur conçu pour permettre à des réactifs de pénétrer le tissu. Il est immergé dans des bains successifs de plus en plus concentrés en éthanol, ce qui conduit à complètement le déshydrater. L'échantillon est ensuite plongé dans du toluène ou xylène (avec précaution car ce sont des produits toxiques). Puis, il est finalement plongé dans un conservateur (souvent de la paraffine fondue). Au cours de ces 12 à 16 heures le processus a permis à la paraffine de remplacer l'eau dans les tissus, ce qui fixe l'échantillon, mais le rend différent du tissu original. L'image finale devra donc être « interprétée » par un spécialiste. Les tissus ainsi préparés sont ensuite retirés de la cassette de préparation et disposés dans un moule dans lequel on verse de la paraffine qui va se figer en un bloc en se refroidissant.

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