Écosystème aquatiquedroite|vignette|307x307px| Une embouchure d'estuaire et des eaux côtières, faisant partie d'un écosystème aquatique Un écosystème aquatique est un écosystème dans et autour d'un plan d'eau. Il s'oppose aux écosystèmes terrestres qui sont ceux que l'on trouve sur terre. Des communautés d'organismes dépendants les uns des autres et de leur environnement vivent dans les écosystèmes aquatiques. Les deux principaux types d'écosystèmes aquatiques sont les écosystèmes marins et les écosystèmes d'eau douce.
Zone hadaleLa zone hadale (du dieu grec Hadès, maître des Enfers), ou zone hadopélagique, correspond aux fosses océaniques de subduction. Abysse Les cartes bathymétriques ou « cartes marines », distinguent usuellement quatre zones. Chacune de ces zones correspond à des structures géomorphologiques bien précises de l'océan. la zone littorale, de à de profondeur, correspond aux plateaux continentaux, c'est-à-dire aux bordures des continents, qui sont très généralement en pentes douces ; la zone bathyale, de à , correspond aux talus continentaux, dont les pentes sont plus prononcées que celles des plateaux continentaux.
Estuairethumb|Vue aérienne de l'estuaire de l'Elbe. Un estuaire est la portion de l'embouchure d'un fleuve où l'effet de la mer ou de l'océan dans lequel il se jette est perceptible. Pour certains, il correspond à toute la portion du fleuve - semi close - où l'eau est salée ou saumâtre ; pour d’autres, c'est la présence de l’effet dynamique de la marée sur les eaux fluviales qui le définit ou encore un assemblage faunistique ou écologique typiquement "estuarien".