Écologie des systèmes lotiquesL'écologie des systèmes lotiques est l'étude des interactions biotiques et abiotiques dans les flux d'eaux courantes continentales. Avec l'écologie des systèmes lentiques, qui concerne les eaux continentales moins dynamiques, comme les lacs ou les étangs, elle forme le champ d'études plus général de l'eau douce ou de l'écologie aquatique. Les milieux lotiques prennent des formes très diverses, allant du ruisseau peu large au grand fleuve de plusieurs kilomètres de large, mais présentent des invariances qui justifient leur étude commune.
Mare résiduellethumb|250px|Des chitons, des algues vertes et des algues rouges corallines sont visibles sur cette mare résiduelle à San Diego, en Californie. thumb|250px|Cette mare résiduelle en Californie renferme un nudibranche (Acanthodoris lutea) pondant ses œufs. On appelle couramment mare résiduelle (ou flaque de marée) les petites mares d'eau stagnante formées dans des cavités rocheuses ou vaseuses après le passage d'une marée (d'où le nom, en espagnol, de pozas de marea, littéralement « point d'eau de marée »).
PolychaetaLes polychètes (Polychaeta) sont une classe de l'embranchement des Annélides. Ils constituent le groupe de vers annélides comportant le plus grand nombre d'espèces, soit plus de . Ils sont caractérisés par leurs « parapodes » munis de « soies » (semblables à de longs poils). Ce sont des animaux essentiellement marins ou estuariens. On les a divisés en deux groupes : les sédentaires (fixés au substrat). Les polychètes sédentaires sont principalement tubicoles ; les errantes (capables de mouvements et donc, de se déplacer).
Périphytonthumb|Périphyton sur la coquille d'un bivalve (Anodonta anatina, une moule d'eau douce). thumb|right|Périphyton encroutant (roche biogénique en cours de formation).Lieu : Sèvre niortaise. Le périphyton, aussi appelé, par emprunt à l’allemand, aufwuchs, est un biofilm phototrophe constitué d'un mélange complexe d'algues, de cyanobactéries, de champignons et microbes hétérotrophes et de détritus. Il participe au phénomène d'encrassement biologique.
Écosystème lentiqueUn écosystème lentique (ou écosystème lénitique) est constitué d'un biotope et des êtres vivants propres aux eaux calmes à renouvellement lent (lacs, marécages, étangs, mares). Au contraire, les milieux d'eaux courantes abritent des écosystèmes lotiques. Les systèmes lentiques prennent des formes très diverses, allant d'une petite flaque temporaire de quelques centimètres de profondeur jusqu'au lac Baïkal dont la profondeur maximale atteint .
Carcasse de baleinevignette|Communautés chimiotrophes sur la carcasse d'une baleine grise de à de profondeur dans le bassin de Santa Cruz., Californie, États-Unis. Les carcasses de baleines sont les cadavres de baleines qui s'échouent sur les littoraux, se décomposent en flottant à la surface de la mer, ou dans la plupart des cas coulent vers le plancher océanique. Dans ce dernier cas, c'est l’équivalent de d’apport en carbone organique qui se concentre sur environ de sédiments.
Bioindicateurvignette|redresse=1.2|La funaire hygromètre, appelée aussi « mousse de feu » ou « Funaire charbonnière », est une espèce indicatrice de place à feu (feu de camp, brûlage de débris). Un bioindicateur (ou bio-indicateur ou indicateur biologique) est un organisme (espèce végétale, fongique, animale ou bactérienne) ou un groupe d'organismes dont la présence ou l'état renseigne sur certaines caractéristiques écologiques (c'est-à-dire physico-chimiques, pédologiques, microclimatiques, biologiques ou fonctionnelle) d'un écosystème ou sur l'incidence de modifications naturelles (par exemple, épisode de sècheresse) ou provoquées (par exemple, pollution chimique).
Zone démersaleThe demersal zone is the part of the sea or ocean (or deep lake) consisting of the part of the water column near to (and significantly affected by) the seabed and the benthos. The demersal zone is just above the benthic zone and forms a layer of the larger profundal zone. Being just above the ocean floor, the demersal zone is variable in depth and can be part of the photic zone where light can penetrate, and photosynthetic organisms grow, or the aphotic zone, which begins between depths of roughly and extends to the ocean depths, where no light penetrates.
Sargassumthumb|Forme libre de Sargasse, en Atlantique Sargassum, la Sargasse, est un genre d'algues brunes de la famille des Sargassaceae. Le nom de genre Sargassum vient du mot portugais « sargaço » ou de l'italien « sargasso » ou de l'espagnol « sargazo », signifiant « varech ». Le mot, attesté depuis au moins 1597, est lié à celui de la « Mar dos Sargaços », mer située à l'ouest des Îles Canaries . Les frondes de certaines espèces tropicales peuvent atteindre plusieurs mètres de long (jusqu'à ).
Colonne d'eauvignette|La colonne d'eau et ses différents étages d'espèces. La « colonne d'eau » est un concept utilisé en écologie aquatique pour désigner, représenter et étudier les « compartiments » et niches écologiques et espèces du volume d'eau compris entre le fond et la surface. En écologie, on désigne l'ensemble des êtres vivant dans la colonne d'eau par le terme « pélagos ». Le terme colonne d'eau est également employé en plongée sous-marine pour décrire la zone dans laquelle les plongeurs montent et descendent.