Simulations de pliage des protéines

Cette séance de cours couvre la théorie et les applications pratiques des simulations de dynamique moléculaire dans le repliement des protéines. Il traite des modèles de solvants, tels que les solvants explicites et implicites, et de leur impact sur la précision de la simulation. Les exercices comprennent l'analyse des liaisons hydrogène, le calcul de la RMSD et la compréhension de la dynamique de pliage de la miniprotéine Trp-cage à l'aide d'OpenMM. Les élèves exploreront l'influence des environnements de solvants sur les propriétés des protéines et apprendront à interpréter les résultats de la simulation.