Simulation de la dynamique moléculaire: Miniprotéine de cage de Trp

Cette séance de cours présente la simulation MD de la miniprotéine Trp-cage, une petite protéine idéale pour les simulations calculatrices de pliage. L'instructeur explique l'utilisation d'un modèle de solvant implicite pour réduire le coût de calcul et reproduire la dynamique de repli de la protéine. La séance de cours porte sur la création du système, la minimisation de l'énergie, le chauffage et la dynamique à l'aide d'OpenMM. Les étudiants analyseront les résultats de la simulation en comparant des propriétés telles que RMSD, RMSF, liaisons hydrogène et angles dièdres à des structures expérimentales. La session comprend également des conseils pratiques sur la mise en place de Google Colab pour l'accès GPU et le téléchargement de fichiers de simulation pour l'analyse.