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Cette séance de cours couvre la portée des simulations de dynamique moléculaire classique, y compris la mise en place de la simulation, la définition des variables et des interactions, et la prise en compte des algorithmes d'intégration. Il traite également de l'importance des moyennes d'ensemble, des fonctions de corrélation temporelle, de la dynamique newtonienne et de la précision des calculs de trajectoire.