Simulations de dynamique moléculaire : bases et algorithmes

Cette séance de cours présente les bases des simulations de dynamique moléculaire, en comparant les méthodes de Monte Carlo et de la dynamique moléculaire, en discutant des propriétés de l'ensemble via MD, des différentes formulations de la mécanique classique (Newtonian, Lagrangian, Hamiltonian), de l'intégration numérique des EOM en utilisant les algorithmes Position Verlet et Leap Frog, et de l'importance de la conservation de l'énergie et des constantes de mouvement. Il couvre également le choix du pas de temps, des contraintes dans plusieurs intégrateurs de pas de temps et des algorithmes de contrainte. L'instructeur met l'accent sur l'utilisation de la dynamique intrinsèque pour générer des configurations pertinentes et la conservation de l'énergie dans les systèmes hamiltoniens.