Outils de biologie chimique : analyse des mutants DDX3

Cette séance de cours s'inscrit dans l'analyse d'une enzyme DDX3 mutante, centrée sur son activité ATPase et le développement d'un inhibiteur sensible à l'analogue. Il couvre des concepts comme les chaperons d'ARN, les structures cristallines, les résidus hydrophobes et les traces dose-réponse. La séance de cours explore également les techniques de profilage des protéines basées sur la spectrométrie de masse, y compris les approches ascendantes et descendantes, la digestion des peptides et les méthodes de traction d'affinité. De plus, il traite de l'étiquetage des isotopes stables pour l'identification quantitative des cibles et le profilage des protéines par activité pour l'analyse rapide des protéomes.

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Séances de cours associées (64)

Concepts associés (200)

CH-313: Chemical biology

Closely interfacing with bioengineering and medicine, this course provides foundational concepts in applying small-molecule chemical toolsets to probe the functions of living systems at the mechanisti

Protéine

redresse=1.36|vignette|Représentation d'une protéine, ici deux sous-unités d'une molécule d'hémoglobine. On observe les représentées en couleur, ainsi que deux des quatre molécules d'hème, qui sont les groupes prosthétiques caractéristiques de cette protéine. redresse=1.36|vignette|Liaison peptidique –CO–NH– au sein d'un polypeptide. Le motif constitue le squelette de la protéine, tandis que les groupes liés aux sont les chaînes latérales des résidus d'acides aminés.

Interaction protéine-protéine

thumb|upright=1.2|L'inhibiteur de la ribonucléase en forme de fer à cheval (en représentation « fil de fer ») forme une interaction protéine–protéine avec la protéine de la ribonucléase. Les contacts entre les deux protéines sont représentés sous forme de taches colorées. Une Interaction protéine–protéine apparait lorsque deux ou plusieurs protéines se lient entre elles, le plus souvent pour mener à bien leur fonction biologique.

Inhibiteur enzymatique

thumb|upright=1.2|Complexe d'une protéase du VIH (rubans rouges, bleus et jaunes) associée à l'inhibiteur qu'est le ritonavir (petite structure en bâtons et boules près du centre). Un inhibiteur enzymatique est une substance se liant à une enzyme et qui en diminue l'activité. Un inhibiteur peut empêcher la fixation du substrat sur le site actif en se fixant à sa place, ou provoquer une déformation de l'enzyme qui rend celle-ci inactive (inhibiteur allostérique).

Spectrométrie de masse

thumb|right|Spectromètre de masse La spectrométrie de masse est une technique physique d'analyse permettant de détecter et d'identifier des molécules d’intérêt par mesure de leur masse, et de caractériser leur structure chimique. Son principe réside dans la séparation en phase gazeuse de molécules chargées (ions) en fonction de leur rapport masse/charge (m/z). Elle est utilisée dans pratiquement tous les domaines scientifiques : physique, astrophysique, chimie en phase gazeuse, chimie organique, dosages, biologie, médecine, archéologie.

Trypsine

La trypsine () est une peptidase du suc pancréatique participant à la digestion des protéines. Il s'agit d'une protéase à sérine qui hydrolyse les liaisons peptidiques situées côté C d'un résidu de lysine ou d'arginine, qui sont des acides aminés basiques. Elle est synthétisée par le pancréas sous forme de trypsinogène (proenzyme inactive), puis stockée dans les vésicules enzymatiques des cellules acineuses d'où elle est excrétée au moment de la digestion.

Spectrométrie de masse des protéines et protéomique: Techniques et applications CH-419: Protein mass spectrometry and proteomics

Explore les techniques de spectrométrie de masse des protéines, y compris les méthodes de marquage, la quantification et la découverte de biomarqueurs.

Méthodes de profilage en protéomique CH-412: Frontiers in chemical biology

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Profil de protéome quantitatif : Identification des cibles chimiques CH-412: Frontiers in chemical biology

Explore le profilage quantitatif des protéomes pour l'identification des cibles de médicaments au moyen du profilage des protéines basé sur l'activité et des techniques avancées de spectrométrie de masse.

Protéomique : Modifications et interactions post-traductionnelles BIO-212: Biological chemistry I

Explore la protéomique pour les modifications post-traductionnelles et les interactions protéiques.

Spectrométrie de masse des protéines et protéomique CH-419: Protein mass spectrometry and proteomics

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