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Cette séance de cours couvre l'analyse des peptides en protéomique, y compris l'utilisation d'enzymes comme la trypsine, la Lys-C et la chymotrypsine pour la digestion des protéines. Il explique les flux de travail tels que les approches descendantes et ascendantes, ainsi que des techniques telles que Peptide Mass Fingerprinting (PMF) et l’acquisition séquentielle de toutes les spectra de masse théoriques (SWATH-MS). L'importance de l'acquisition dépendante des données (DDA) et le rôle des différentes enzymes dans l'enrichissement en protéines et en peptides sont également discutés.