CH-419: Protein mass spectrometry and proteomics

Résumé

In systems biology, proteomics represents an essential pillar. The understanding of protein function and regulation provides key information to decipher the complexity of living systems. Proteomic technology now enables deep quantitative proteome mapping via mass spectrometry.

Source officielle

https://edu.epfl.ch/coursebook/fr/protein-mass-spectrometry-and-proteomics-CH-419

Page Moodle

http://go.epfl.ch/CH-419

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Living systems are open self-organizing life forms that interact with their environment. These systems are maintained by flows of information, energy and matter. In the last few decades, some scientists have proposed that a general living systems theory is required to explain the nature of life. Such a general theory, arising out of the ecological and biological sciences, attempts to map general principles for how all living systems work.

Label-free quantification is a method in mass spectrometry that aims to determine the relative amount of proteins in two or more biological samples. Unlike other methods for protein quantification, label-free quantification does not use a stable isotope containing compound to chemically bind to and thus label the protein. Label-free quantification may be based on precursor signal intensity or on spectral counting.

Un analyseur de spectre est un instrument de mesure destiné a afficher un signal dans le domaine frequentiel contrairement à un oscilloscope qui affiche le signal dans le domaine temporel. Les signaux peuvent être de natures diverses : électrique, optique, sonore, radioélectrique. Un analyseur de spectre électrique permet la mesure de la tension de signaux électriques dans le domaine fréquentiel. Les mesures peuvent aller de quelques dixièmes de Hz à plusieurs centaines de GHz.

Un biomarqueur est une caractéristique biologique mesurable liée à un processus normal ou non. Dans le domaine de l'écologie, un biomarqueur est un changement observable ou mesurable au plan moléculaire (génétique, biochimique), cellulaire ou physiologique dans les tissus ou les fluides d’un organisme ou sur l’organisme entier qui révèle l'exposition présente ou passée d'un organisme vivant à une substance chimique ou à un autre facteur de stress.

Labelling or using a label is describing someone or something in a word or short phrase. For example, the label "criminal" may be used to describe someone who has broken a law. Labelling theory is a theory in sociology which ascribes labelling of people to control and identification of deviant behaviour. It has been argued that labelling is necessary for communication. However, the use of the term is often intended to highlight the fact that the label is a description applied from the outside, rather than something intrinsic to the labelled thing.