Conception des protéines: Méthodes de calcul

Cette séance de cours présente le domaine de la conception de protéines informatiques, couvrant les défis dans la prédiction de la structure des protéines, les fonctions énergétiques pour les structures de notation, les algorithmes de recherche pour les structures d'échantillonnage, et les applications en biologie synthétique et en biomédecine. L'importance de la conception des protéines est soulignée parce que les protéines sont essentielles pour les fonctions cellulaires. La séance de cours explique le processus de réingénierie des protéines naturelles à travers les substitutions d'acides aminés, la conception des protéines à partir de zéro, et les défis rencontrés dans la conception des protéines. Diverses méthodes de calcul et d'expérimentation pour la conception des protéines sont discutées, y compris la mutagenèse aléatoire, l'évolution dirigée et l'utilisation de bibliothèques de rotamères. La séance de cours explore également le concept de paysages énergétiques dans l'espace conformationnel des protéines et le rôle des simulations Monte Carlo dans le raffinement de la structure protéique.