Couleur des yeuxthumb|Gros plan d'un iris gris. thumb|Yeux « noisette ». La couleur des yeux est un caractère polygénique qui est principalement déterminé par la quantité et le type de pigments présents dans l'iris de l'œil. Les humains et les animaux présentent de nombreuses variations phénotypiques relatives à la couleur des yeux. Chez les humains, ces variations de couleur sont dues à la proportion variable d'eumélanine produite par les mélanocytes dans l'iris.
RétinalLe rétinal, appelé aussi rétinaldéhyde, est l'une des trois formes de la . Le rétinal est un aldéhyde polyinsaturé capable d'absorber la lumière et qui présente une couleur orangée. Il se lie à des protéines, les opsines, et constitue la base moléculaire de la vision. En effet, le cycle de la vision est régi par la photoisomérisation du rétinal : lorsque le rétinal 11-cis absorbe un photon, il passe de l'état 11-cis à l'état tout-trans ; cette isomérisation est à l'origine d'une hyperpolarisation du photorécepteur par .
MélanosomeLe mélanosome est un organite intracellulaire, parent des lysosomes et des granules des plaquettes sanguines, à l'intérieur duquel sont fabriquées les mélanines, pigments protégeant la peau des radiations solaires dans le règne animal. Il est produit dans les mélanocytes. Entouré d'une membrane lipidique, sa forme, constante pour une espèce et un type cellulaire donné, varie d'arrondie à allongée. On peut reconnaître le degré de maturation des mélanosomes en observant leur ultrastructure au microscope électronique.
Pigment biologiqueUn pigment biologique est une substance synthétisée par des organismes vivants qui a une couleur résultant de l'absorption sélective des couleurs. De nombreuses structures biologiques, telles que les chloroplastes, la vacuole, la peau, les yeux, la fourrure ou les cheveux contiennent des pigments. Les couleurs pigmentaires, dites chimiques, diffèrent des couleurs structurelles, dites physiques, car les premières ne varient pas selon l'angle visuel, alors que les secondes résultent d'une réflexion sélective ou de phénomènes d'interférence liés d'ordinaire à la structure microscopique multicouche de l'objet comme celle des ailes de papillon.
Éphélidevignette|Taches de rousseur sur le visage d'un adulte. Les , ou taches de rousseur, sont de petites macules pigmentées, photodistribuées, apparaissant dans l’enfance sous l’effet de l’exposition au soleil, plutôt chez les sujets de phototype clair, en particulier les roux. Elles sont planes. Leur taille varie de . Elles peuvent cependant former par coalescence des taches plus grandes. Elles sont de couleur brun clair ou ocre, mais cette pigmentation s'accentue avec le soleil, et au contraire s’éclaircit après l’exposition.
Système visuel humainLe est l'ensemble des organes participant à la perception visuelle humaine, de la rétine au système sensori-moteur. Son rôle est de percevoir et d'interpréter deux images en deux dimensions en une image en trois dimensions. Il est principalement constitué de l'œil (et plus particulièrement la rétine), des nerfs optiques, du chiasma optique, du tractus optique, du corps genouillé latéral, des radiations optiques et du cortex visuel. En première approximation, l'œil peut être assimilé à un appareil photographique.
