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Protein-Binding Microarray Analysis of Tumor Suppressor AP2 alpha Target Gene Specificity

Résumé

Cheap and massively parallel methods to assess the DNA-binding specificity of transcription factors are actively sought, given their prominent regulatory role in cellular processes and diseases. Here we evaluated the use of protein-binding microarrays (PBM) to probe the association of the tumor suppressor AP2 alpha with 6000 human genomic DNA regulatory sequences. We show that the PBM provides accurate relative binding affinities when compared to quantitative surface plasmon resonance assays. A PBM-based study of human healthy and breast tumor tissue extracts allowed the identification of previously unknown AP2 alpha target genes and it revealed genes whose direct or indirect interactions with AP2 alpha are affected in the diseased tissues. AP2 alpha binding and regulation was confirmed experimentally in human carcinoma cells for novel target genes involved in tumor progression and resistance to chemotherapeutics, providing a molecular interpretation of AP2 alpha role in cancer chemoresistance. Overall, we conclude that this approach provides quantitative and accurate assays of the specificity and activity of tumor suppressor and oncogenic proteins in clinical samples, interfacing genomic and proteomic assays.

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Gène suppresseur de tumeurs
Un gène suppresseur de tumeurs ou encore anti-oncogène est un régulateur négatif de la prolifération cellulaire. Notre organisme est composé d'environ cinq mille milliards de cellules réparties dans plus de 200 types cellulaires différents qui composent les tissus (cellules sanguines, nerveuses, germinales...). La prolifération cellulaire au sein de ces tissus est rigoureusement contrôlée au cours de notre vie : certaines cellules (telles que les neurones) ne nécessitent pas un renouvellement constant, d'autres sont perpétuellement en cours de multiplication (cellules sanguines ou de la peau).
Micro-environnement tumoral
lien=//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/0/04/Tumor_microenvironment.jpg/220px-Tumor_microenvironment.jpg|vignette| Plusieurs facteurs déterminent si les cellules tumorales sont éliminées par le système immunitaire ou échappent à sa détection. Le microenvironnement tumoral (TME, pour tumor microenvironment) est l'environnement autour des cellules tumorales qui comprend des vaisseaux sanguins des cellules immunitaires, des fibroblastes, des molécules de signalisation et la matrice extracellulaire (MEC).
Tumeur bénigne
thumb|Tumeur bénigne de la peau d'un chien Une tumeur bénigne est une tumeur sans gravité, c'est-à-dire ne pouvant donner lieu à des métastases et n'étant pas mortelle, par exemple une verrue. Néanmoins une telle tumeur peut évoluer vers une tumeur maligne, qui peut, elle, être fatale si elle n'est pas traitée. Une tumeur bénigne peut cependant être mortelle dans les cas où son environnement ne laisse pas suffisamment de place à son développement. Exemple : une tumeur bénigne au cerveau.
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