Espècevignette| redresse=1.2| L'espèce est l'unité de base de la classification du vivant. Dans les sciences du vivant, l’espèce (du latin species, « type » ou « apparence ») est le taxon de base de la systématique. La définition la plus communément admise est celle du concept biologique : une espèce est un ensemble d'individus qui peuvent effectivement ou potentiellement se reproduire entre eux et engendrer une descendance viable et féconde, dans des conditions naturelles.
Espèce typethumb| est l'espèce type du genre Powelliphanta, qui en compte une vingtaine d'autres. En biologie, on appelle espèce type l'espèce que l'on utilise pour définir un groupe taxonomique de rang supérieur, tel le genre ou la famille. À partir des caractéristiques de cette espèce, on établit la description et la caractérisation du groupe d'espèces partageant ces caractéristiques. Au sens strict, une « espèce type » existe seulement dans la nomenclature zoologique. Comme le spécifie l'article 42.
Rang taxonomiquevignette|Principaux rangs taxinomiques. En nomenclature biologique, on nomme rangs taxinomiques, ou rangs taxonomiques, les niveaux hiérarchiques de la classification scientifique du monde vivant, qui du règne à l'espèce, forment les étages de la pyramide accueillant les taxons de la systématique d'un groupe donné d'animaux, de plantes, de champignons, de protistes, de bactéries ou d’archées.
Description des espècesvignette|Couverture originale de l'œuvre Systema naturæ publiée en 1735. La description d'une espèce est une description formelle d'une espèce nouvellement découverte, généralement sous la forme d'un article scientifique. Son but est de donner une description claire d'une nouvelle espèce d'organisme et d'expliquer en quoi elle diffère des espèces qui ont été décrites précédemment, ou qui lui sont liées. La description de l'espèce contient aussi des images ou d'autres illustrations du matériel type sur lequel se fonde une description et auquel est associé le nouveau nom de taxon décrit.
PhylogénieLa phylogenèse ou phylogénie, du grec ancien , « tribu, famille, clan » et , « création », est l'étude des liens de parenté (relations phylogénétiques ou phylétiques) entre les êtres vivants et ceux qui ont disparu : entre individus (niveau généalogique ; seule une généalogie individuelle peut répondre à la question « qui est l'ancêtre de qui ? », tandis qu'une phylogénie de groupe peut répondre à la question « qui est le plus proche parent de qui ? ») ; entre populations (à l'intérieur d'une même espèce qu
Taxonomievignette|350px|La classification classique du vivant classe les êtres vivants selon une hiérarchie de groupes de plus en plus vastes. La taxonomie ou taxinomie est une branche des sciences naturelles qui a pour objet l'étude de la diversité du monde vivant. Cette activité consiste à décrire et circonscrire en termes d'espèces les organismes vivants et à les organiser en catégories hiérarchisées appelées taxons. Elle doit proposer des outils et des méthodes permettant de les identifier (notamment grâce aux clés de détermination).
Computational phylogeneticsComputational phylogenetics is the application of computational algorithms, methods, and programs to phylogenetic analyses. The goal is to assemble a phylogenetic tree representing a hypothesis about the evolutionary ancestry of a set of genes, species, or other taxa. For example, these techniques have been used to explore the family tree of hominid species and the relationships between specific genes shared by many types of organisms.
Type (biologie)thumb|Holotype de l'étoile de mer fossile Marocaster, au Muséum de Toulouse. thumb|Holotype de la rascasse fossile Scorpaena jeanneli, au Muséum de Paris. thumb|220px|Holotype de Lethe corbieri, papillon fossile de l'Oligocène de Provence. thumb|Holotype de Testudo hermanni Gmelin, 1789 (plastron détaché), Musée zoologique de Strasbourg En systématique, un type est l'élément de référence attaché à un nom scientifique à partir duquel une espèce a été décrite.
Maximum de parcimonieLes méthodes de maximum de parcimonie, ou plus simplement méthodes de parcimonie ou encore parcimonie de Wagner, sont une méthode statistique non-paramétrique très utilisée, notamment pour l'inférence phylogénétique. Cette méthode permet de construire des arbres de classification hiérarchique après enracinement, lesquels permettent d'obtenir des informations sur la structure de parenté d'un ensemble de taxons. Sous l'hypothèse du maximum de parcimonie, l'arbre phylogénétique « préféré » est celui qui requiert le plus petit nombre de changements évolutifs.
Inférence bayésienne en phylogénieL'inférence bayésienne de la phylogénie est la combinaison des informations dans l'a priori et dans la vraisemblance des données pour créer la soi-disant probabilité postérieure des arbres, qui est la probabilité que l'arbre soit correct compte tenu des données, de l'a priori et du modèle de vraisemblance. L'inférence bayésienne a été introduite dans la phylogénétique moléculaire dans les années 1990 par trois groupes indépendants : Bruce Rannala et Ziheng Yang à Berkeley, Bob Mau à Madison, et Shuying Li à l'Université de l'Iowa, les deux derniers étant doctorants à l'époque.
