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MPGM: Scalable and Accurate Multiple Network Alignment

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Graph Chatbot

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Short linear motif

In molecular biology short linear motifs (SLiMs), linear motifs or minimotifs are short stretches of protein sequence that mediate protein–protein interaction. The first definition was given by Tim Hunt: "The sequences of many proteins contain short, conserved motifs that are involved in recognition and targeting activities, often separate from other functional properties of the molecule in which they occur. These motifs are linear, in the sense that three-dimensional organization is not required to bring distant segments of the molecule together to make the recognizable unit.

Interactome

In molecular biology, an interactome is the whole set of molecular interactions in a particular cell. The term specifically refers to physical interactions among molecules (such as those among proteins, also known as protein–protein interactions, PPIs; or between small molecules and proteins) but can also describe sets of indirect interactions among genes (genetic interactions). The word "interactome" was originally coined in 1999 by a group of French scientists headed by Bernard Jacq.

Stochastic block model

The stochastic block model is a generative model for random graphs. This model tends to produce graphs containing communities, subsets of nodes characterized by being connected with one another with particular edge densities. For example, edges may be more common within communities than between communities. Its mathematical formulation has been firstly introduced in 1983 in the field of social network by Paul W. Holland et al.

Dérivation automatique

En mathématique et en calcul formel, la dérivation automatique (DA), également appelé dérivation algorithmique, dérivation formelle, ou auto-dérivation est un ensemble de techniques d'évaluation de la dérivée d'une fonction par un programme informatique. La dérivation automatique exploite le fait que chaque programme informatique, aussi compliqué soit-il, exécute une séquence d'opérations arithmétiques élémentaires (addition, soustraction, multiplication, division, etc.) et des fonctions élémentaires (exp, log,sin, cos, etc.

Compréhension

La compréhension (également appelée noûs) est un processus psychologique lié à un objet physique ou abstrait tel que la personne, la situation ou le message selon lequel une personne est capable de réfléchir et d’utiliser des concepts pour traiter cet objet de manière appropriée. La compréhension est la relation entre celui qui connaît et l’objet de la compréhension. Elle implique des capacités et des dispositions par rapport à un objet de connaissance suffisant afin de produire un comportement intelligent.

Canonical form

In mathematics and computer science, a canonical, normal, or standard form of a mathematical object is a standard way of presenting that object as a mathematical expression. Often, it is one which provides the simplest representation of an object and allows it to be identified in a unique way. The distinction between "canonical" and "normal" forms varies from subfield to subfield. In most fields, a canonical form specifies a unique representation for every object, while a normal form simply specifies its form, without the requirement of uniqueness.

InterPro

InterPro est une base de données intégrées de « signatures » de domaines et de signaux protéiques utilisée pour la classification et l'annotation automatique de protéines. Interpro permet la classification des protéines en fonction de la présence de domaines fonctionnels, répétitions, et signaux grâce à une recherche automatisée dans plusieurs bases de données (CATH-Gene3D, HAMAP, PANTHER, Pfam, PIRSF, PRINTS, ProDom, PROSITE, SMART, SUPERFAMILY, TIGRFAMs). Catégorie:Base de données Protéines Catégorie:Rech

Clustal

Clustal is a series of widely used computer programs used in bioinformatics for multiple sequence alignment. There have been many versions of Clustal over the development of the algorithm that are listed below. The analysis of each tool and its algorithm is also detailed in their respective categories. Available operating systems listed in the sidebar are a combination of the software availability and may not be supported for every current version of the Clustal tools.

Bioprospection

La bioprospection est l'inventaire et l'évaluation des éléments constitutifs de la diversité biologique ou biodiversité d'un écosystème particulier. Elle peut avoir un objectif scientifique, un objectif économique, ou encore viser à la conservation et l'utilisation durable de la biodiversité suivant les principes de la Convention sur la diversité biologique. L'activité de bioprospection menée à des fins économiques par les empires coloniaux (expansion impériale, depuis le , aussi bien en Amérique qu’en Asie), par les secteurs de la pharmacologie, des biotechnologies, de la cosmétologie ou de l'agriculture, suscite parfois des controverses.