Bacterial taxonomyBacterial taxonomy is subfield of taxonomy devoted to the classification of bacteria specimens into taxonomic ranks. In the scientific classification established by Carl Linnaeus, each species is assigned to a genus resulting in a two-part name. This name denotes the two lowest levels in a hierarchy of ranks, increasingly larger groupings of species based on common traits. Of these ranks, domains are the most general level of categorization. Presently, scientists classify all life into just three domains, Eukaryotes, Bacteria and Archaea.
DénitrificationLa dénitrification, appelée aussi rétrogradation de l'azote minéral, est un processus microbien de respiration anaérobie qui utilise les ions nitrates comme accepteurs d'électrons. Ce phénomène biologique est opéré en milieu hypoxique ou anoxique, par des bactéries spécifiques qui satisfont leur besoin en oxydant par une désoxygénation des nitrates. Ce phénomène se produit dans le sol, mais pas exclusivement : il est aussi à l’œuvre dans certains sédiments, dans les aquifères (dans une certaine mesure et à certaines conditions), dans les matières organiques en décomposition (ex : bois mort), ou encore dans le système digestif.
RécifLe récif, mot venant du portugais arracefe, arrecife puis recife (« récif ») lui-même tirant ses racines de l'arabe الرصيف ar-raṣīf (« chaussée, digue »), est le nom donné soit à une chaîne de rochers à fleur d'eau ou submergée, soit à une structure (calcaire ou autre) créée par l'accumulation de certains organismes vivants marins dont les plus connus sont les récifs de coraux des mers tropicales. Dans les deux cas, les récifs sont très dangereux pour les navigateurs. En géomorphologie, (récifs coralliens, hermelles).
Grande Barrière de corailLa Grande Barrière de corail ou récif de la Grande Barrière (en Great Barrier Reef) constitue le plus grand récif corallien du monde. L'ensemble, qui s'étire sur plus de depuis Bundaberg jusqu'à la pointes de la péninsule du cap York, couvre une superficie de . Le site est inscrit en 1981 sur la liste du patrimoine mondial de l'Unesco sous le nom de Grande Barrière. La Grande Barrière de corail, située en mer de Corail au large du Queensland, en Australie, est composée de et .
Cycle du feralt=Iron cycle|vignette| Cycle biogéochimique du fer : le fer circule dans l'atmosphère, la lithosphère et les océans. Les flèches étiquetées indiquent le flux en Tg de fer par an. Le fer dans l'océan passe entre le plancton, les particules agrégées (fer non biodisponible) puis se dissous (fer biodisponible), et devient des sédiments par enfouissement. Les cheminées hydrothermales libèrent du fer ferreux dans l'océan en plus des apports de fer océanique provenant de sources terrestres.
RemineralisationIn biogeochemistry, remineralisation (or remineralization) refers to the breakdown or transformation of organic matter (those molecules derived from a biological source) into its simplest inorganic forms. These transformations form a crucial link within ecosystems as they are responsible for liberating the energy stored in organic molecules and recycling matter within the system to be reused as nutrients by other organisms. Remineralisation is normally viewed as it relates to the cycling of the major biologically important elements such as carbon, nitrogen and phosphorus.
Microbial population biologyMicrobial population biology is the application of the principles of population biology to microorganisms. Microbial population biology, in practice, is the application of population ecology and population genetics toward understanding the ecology and evolution of bacteria, archaebacteria, microscopic fungi (such as yeasts), additional microscopic eukaryotes (e.g., "protozoa" and algae), and viruses. Microbial population biology also encompasses the evolution and ecology of community interactions (community ecology) between microorganisms, including microbial coevolution and predator-prey interactions.
PhyllosphèreEn microbiologie, la phyllosphère est l'ensemble des parties des plantes situées au-dessus du niveau du sol et considéré comme habitat pour les micro-organismes. Notamment en raison du caractère mortel ou inhibiteur des UV solaires pour de nombreux microbes de la phyllosphère, les habitats microbiens et fongiques sont préférentiellement situés au-dessous du niveau du sol (et surtout dans la mince partie du sol qui gaine les racines et des tiges souterraines) sont considérés comme, respectivement, la rhizosphère et la (ou laïmosphère).
Herbier marinthumb|upright=1.3|Herbier de posidonies, Posidonia oceanica, en Méditerranée. thumb|upright=1.3|Un herbier de Syringodium isoetifolium à La Réunion : on voit une partie des racines à nu, preuve qu'il s'agit de plantes marines (phanérogames) et non d'algues. thumb|upright=1.3|right|Herbier de Thalassia dans les eaux des côtes de Floride. Les herbiers marins sont des prairies sous-marines qui poussent dans la plupart des mers du globe, en environnement strictement salin. Ils sont composés de plantes à fleurs (phanérogames marines) et non d'algues.
PoriferaLes éponges ou spongiaires (Porifera) sont des animaux formant l'embranchement basal des eumétazoaires. Elles sont définies comme des métazoaires sessiles à l'âge adulte. Elles possèdent un système aquifère permettant la circulation (unidirectionnelle) de l'eau. Il est composé de chambres choanocytaires reliées entre elles et au milieu extérieur par des pores inhalants (ostium) et un pore exhalant (oscule). Ces chambres sont tapissées de choanocytes, qui sont des cellules flagellées caractéristiques des éponges.
