CyanobacteriotaLes Cyanobacteriota sont des bactéries photosynthétiques. Longtemps appelées Cyanobacteria, ce nom n'a jamais été officiellement validé malgré son usage très courant. Le nom validé Cyanobacteriota a été officialisé début 2023 par l'ICN et l'ICSP (International Committee on Systematics of Prokaryotes). Plus communément appelées cyanobactéries, elles forment un phylum de bactéries qui contient la classe validée des Cyanophyceae et non-validée des Candidatus Melainabacteria (le mot Candidatus signifie que ces bactéries n'ont pas été cultivées en laboratoire).
Harmful algal bloomA harmful algal bloom (HAB), or excessive algae growth, is an algal bloom that causes negative impacts to other organisms by production of natural algae-produced toxins, mechanical damage to other organisms, or by other means. HABs are sometimes defined as only those algal blooms that produce toxins, and sometimes as any algal bloom that can result in severely lower oxygen levels in natural waters, killing organisms in marine or fresh waters. Blooms can last from a few days to many months.
BactérioplanctonLe bactérioplancton correspond aux bactéries composant le plancton dérivant ou se déplaçant activement dans la colonne d'eau (douce, saumâtre ou marine). Le bactérioplancton occupe une part des niches écologiques dans les systèmes aquatiques et joue un rôle important dans l'écologie microbienne et le cycle du carbone. Une part importante du bactérioplancton est saprophytes, c'est-à-dire composé de bactéries tirant leur énergie de la matière organique (nécromasse, excréments, excrétats essentiellement) produite par d’autres organismes.
Cyanotoxinevignette|Bloom de cyanobactéries. Après un changement de conditions climatiques (forte pression atmosphérique, arrêt du vent...), il peut s'ensuivre une « surflottabilité » de ces micro-organismes qui forment alors une « écume de surface » pouvant être emportée par le vent vers le bord (rivages abrités, baies calmes) où ils meurent en libérant leurs toxines. Les cyanotoxines sont des métabolites synthétisés par les cyanobactéries. Elles peuvent être classées selon leur structure chimique en trois classes : 1) peptides cycliques, 2) alcaloïdes et 3) lipopolysaccharides.
Efflorescence algaleUne efflorescence algale (parfois décrite avec un emprunt à l'anglais bloom algal ou bloom phytoplanctonique) est une augmentation relativement rapide de la concentration d'une (ou de plusieurs) espèce(s) d'algues (ou de bactéries, les cyanobactéries, anciennement appelées « algues bleues »), appartenant généralement au phytoplancton, dans un système aquatique d'eau douce, saumâtre ou salée. Cette prolifération se traduit généralement par une coloration de l'eau (en rouge, brun, brun-jaune ou vert).
Planctonthumb|250px|right|Les diatomées sont une des bases des réseaux trophiques océaniques et d'eau douce. Certaines sont considérées comme bioindicatrices de la qualité de l'eau. thumb|250px|right|Zooplancton. Selon Hensen (1887), le plancton (du grec ancien , « errant, instable ») est un groupe polyphylétique d'organismes généralement unicellulaires vivant dans les eaux douces, saumâtres et salées, le plus souvent en suspension et apparemment passivement : gamètes, larves, animaux inaptes à lutter contre le courant (petits crustacés planctoniques, siphonophores et méduses), végétaux et algues microscopiques.
Colonne d'eauvignette|La colonne d'eau et ses différents étages d'espèces. La « colonne d'eau » est un concept utilisé en écologie aquatique pour désigner, représenter et étudier les « compartiments » et niches écologiques et espèces du volume d'eau compris entre le fond et la surface. En écologie, on désigne l'ensemble des êtres vivant dans la colonne d'eau par le terme « pélagos ». Le terme colonne d'eau est également employé en plongée sous-marine pour décrire la zone dans laquelle les plongeurs montent et descendent.
Migration verticaleLa « migration verticale » est le nom donné au déplacement quotidien de certains organismes marins qui se déplacent chaque jour et chaque nuit, alternativement entre la surface et les profondeurs. Cette migration est sous le contrôle des variations d'intensité lumineuse et/ou (pour certaines espèces) de la polarisation de la lumière subaquatique perçues par les espèces concernées. La migration verticale peut donc être troublée par la pollution lumineuse.
ZooplanctonLe zooplancton (du grec ancien , « animal ») est un plancton animal. Il se nourrit de matière vivante, certaines espèces étant herbivores et d’autres carnivores. Il descend pendant la nuit vers des eaux plus profondes, et remonte pendant la journée vers la surface, pour se nourrir de phytoplancton attiré par la lumière. Ce mouvement du zooplancton (dit de migration verticale quotidienne) suit un rythme nycthéméral commandé par la lumière du Soleil.
Microbial loopThe microbial loop describes a trophic pathway where, in aquatic systems, dissolved organic carbon (DOC) is returned to higher trophic levels via its incorporation into bacterial biomass, and then coupled with the classic food chain formed by phytoplankton-zooplankton-nekton. In soil systems, the microbial loop refers to soil carbon. The term microbial loop was coined by Farooq Azam, Tom Fenchel et al. in 1983 to include the role played by bacteria in the carbon and nutrient cycles of the marine environment.
