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Computational phylogenetics
Computational phylogenetics is the application of computational algorithms, methods, and programs to phylogenetic analyses. The goal is to assemble a phylogenetic tree representing a hypothesis about the evolutionary ancestry of a set of genes, species, or other taxa. For example, these techniques have been used to explore the family tree of hominid species and the relationships between specific genes shared by many types of organisms.
Homoplasie
L’homoplasie est la similitude d’un état de caractère chez différents taxons qui, contrairement à l’homologie, ne provient pas d’un ancêtre commun. Il existe différents types d’homoplasie : la convergence, le parallélisme et la réversion. la convergence : ressemblance apparue indépendamment chez des taxons distants phylogénétiquement. le parallélisme : ressemblance apparue chez des taxons relativement proches. la réversion : un état dérivé d’un caractère revient à un état ancestral (antérieur).
Synapomorphie
En phylogénétique, un caractère synapomorphique, ou synapomorphie, est un caractère dérivé (ou apomorphique), partagé par deux ou plusieurs taxons-frères. Le partage par au moins deux taxons certifie que la dérive du caractère n'est pas simplement contingente, mais est persistante et caractéristique de nouvelles espèces viables. Une synapomorphie détermine ainsi un groupe monophylétique strict, ou clade, seul type de groupe reconnu par le cladisme.
Arbre phylogénétique
vignette|upright=1.5|Arbre phylogénétique, basé sur le génome d'après Ciccarelli et al. (2006), mettant en évidence les trois domaines du vivant : les eucaryotes en rose (animaux, champignons, plantes et protistes), les bactéries en bleu, et les archées en vert. Un arbre phylogénétique est un arbre schématique qui montre les relations de parenté entre des groupes d'êtres vivants. Chacun des nœuds de l'arbre représente l'ancêtre commun de ses descendants ; le nom qu'il porte est celui du clade formé des groupes frères qui lui appartiennent, non celui de l'ancêtre qui reste impossible à déterminer.
Cladogram
A cladogram (from Greek clados "branch" and gramma "character") is a diagram used in cladistics to show relations among organisms. A cladogram is not, however, an evolutionary tree because it does not show how ancestors are related to descendants, nor does it show how much they have changed, so many differing evolutionary trees can be consistent with the same cladogram. A cladogram uses lines that branch off in different directions ending at a clade, a group of organisms with a last common ancestor.
Phylogénétique moléculaire
vignette|Séquençage moléculaire La phylogénétique moléculaire est l'utilisation de séquences de macromolécules biologiques pour obtenir des informations sur l'histoire évolutive des organismes vivants, et notamment sur leurs liens de parenté (leur phylogénie). C'est un important outil d'étude parmi ceux de l'évolution moléculaire. Le produit d'une analyse de phylogénétique moléculaire est soit un arbre phylogénétique, soit un graphe du réseau phylogénétique.
Cladistique
vignette|300x300px|Cladogramme représentant les relations de degré de parenté entre taxons représentant les archées, les eucaryotes et les procaryotes. La cladistique (ou systématique phylogénétique) est la théorie des clades et des cladogrammes (du grec ancien , « branche »), et de la reconstruction des relations de parenté entre les êtres vivants. Un clade (groupe monophylétique) est un groupe dont tous les membres sont plus apparentés entre eux qu'avec n'importe quel autre groupe, et un cladogramme (arbre phylogénétique) est une hiérarchie de clades.
Phylogénie
La phylogenèse ou phylogénie, du grec ancien , « tribu, famille, clan » et , « création », est l'étude des liens de parenté (relations phylogénétiques ou phylétiques) entre les êtres vivants et ceux qui ont disparu : entre individus (niveau généalogique ; seule une généalogie individuelle peut répondre à la question « qui est l'ancêtre de qui ? », tandis qu'une phylogénie de groupe peut répondre à la question « qui est le plus proche parent de qui ? ») ; entre populations (à l'intérieur d'une même espèce qu
Phénétique
En biologie, la phénétique est une discipline de la systématique qui consiste à étudier les relations de similarité ou de dissimilarité globale entre les êtres vivants. L'objectif peut être de produire une classification (voir taxonomie) ou bien d'identifier les processus responsables de certains patterns comme les relations phylogénétiques.
Symplésiomorphie
thumb|upright=2|Illustration de apomorphie, synapomorphie et symplésiomorphie. En systématique phylogénétique (cladistique), une symplésiomorphie (ou caractère symplésiomorphique) est un caractère ancestral (ou plésiomorphie) partagé par deux taxons ou plus ; à condition qu’il soit hérité d’un ancêtre commun, ce caractère représentant l’état ancestral. Ce terme est donc plus précis que celui de « similitude » des généticiens et d’« homologie partagée » des évolutionnistes – cette dernière portant sur un patron commun dont les deux caractères, ancestral et dérivé, ne constitueraient que deux formes distinctes.