En cristallographie, l'eau de cristallisation est de l'eau présente dans les cristaux. C'est le total de la masse en eau retenue par certains sels, à une température donnée et est principalement présente dans un ratio défini (stœchiométrique). L'eau de cristallisation est nécessaire au maintien des propriétés cristallines mais peut être enlevée si l'on applique au cristal une chaleur suffisante. Couramment, le terme « eau de cristallisation » réfère en fait à l'eau présente dans la structure cristalline d'un complexe métallique, mais qui n'est pas liée directement à l'ion métallique. Par cristallisation à partir de l'eau ou d'un solvant contenant de l'eau, beaucoup de composés chimiques incorporent des molécules d'eau dans leur structure cristalline. Comparés aux sels inorganiques, les protéines cristallisent avec une quantité anormalement élevée d'eau dans leur structure cristalline, une proportion de 50 % d'eau n'étant pas inhabituelle. Dans les formules moléculaires, l'eau de cristallisation peut être notée de diverses façons : « composé hydraté⋅nH2O » ou « composé hydraté×nH2O » cette notation est utilisée quand le composé contient seulement de l'« eau de grille » ou que la structure cristalline est indéterminée. Par exemple, le chlorure de calcium : CaCl2·2H2O ; « composé hydraté(H2O)n » cette notation est utilisée pour les composés formant un complexe avec l'eau. Par exemple, le chlorure de zinc : ZnCl2(H2O)4 ; les deux notations peuvent également être combinées, comme pour le sulfate de cuivre(II) : [Cu(H2O)4]SO4·H2O. Un sel avec de l'eau de cristallisation associée est connu sous le nom d'« hydrate ». La structure des hydrates peut être assez élaborée à cause de l'existence de liaisons hydrogène définissant une structure polymère. Historiquement, la structure de nombreux hydrates était inconnue, et la notation avec point dans la formule de l'hydrate était utilisée pour préciser la composition sans indiquer comment l'eau était liée.

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