Conformational entropyIn chemical thermodynamics, conformational entropy is the entropy associated with the number of conformations of a molecule. The concept is most commonly applied to biological macromolecules such as proteins and RNA, but also be used for polysaccharides and other molecules. To calculate the conformational entropy, the possible conformations of the molecule may first be discretized into a finite number of states, usually characterized by unique combinations of certain structural parameters, each of which has been assigned an energy.
Arieh WarshelArieh Warshel, né le dans le kibboutz de Sdé-Nahum en Israël, est un chimiste israélo-américain. Il est colauréat du prix Nobel de chimie 2013 avec Michael Levitt et Martin Karplus. Arieh Warshel naît dans le kibboutz de Sdé-Nahum dans la vallée de Bet She'an alors en Palestine mandataire. Il devient capitaine de Tsahal (IDF) pendant la guerre des Six Jours en 1967 et la guerre de Kippour en 1973. Il obtient une licence de chimie au Technion d'Haïfa en 1966, puis fait sa thèse à l'Institut Weizmann où il obtient un doctorat en physique et chimie en 1969.
Changement conformationnelvignette|Exemple de changement conformationnel En biochimie, un changement conformationnel est la transition entre deux géométries moléculaires, souvent induite par des facteurs environnementaux. Une macromolécule est le plus souvent flexible et dynamique, chaque configuration tridimensionnelle possible définissant une conformation. La forme d'une macromolécule peut se modifier en réponse à un changement dans les paramètres environnementaux tels que la température, le pH (acidité, basicité), le champ électrique, la salinité, la lumière (sur les chromophores), la phosphorylation ou la liaison d'un ligand.
Potentiel interatomiqueLe potentiel interatomique est un modèle d'énergie potentielle servant à décrire l'interaction entre atomes et, par extension, entre molécules. Il permet d'accéder à nombre de quantités optiques, thermodynamiques, mécaniques et de transport de la matière. Les atomes à température ambiante peuvent s'associer spontanément pour former des molécules stables. Cela implique une force attractive à longue distance et répulsive à faible distance, et par suite nulle à la valeur d'équilibre de la liaison.
Coarse-grained modelingCoarse-grained modeling, coarse-grained models, aim at simulating the behaviour of complex systems using their coarse-grained (simplified) representation. Coarse-grained models are widely used for molecular modeling of biomolecules at various granularity levels. A wide range of coarse-grained models have been proposed. They are usually dedicated to computational modeling of specific molecules: proteins, nucleic acids, lipid membranes, carbohydrates or water.
Intégration de VerletLintégration de Verlet est un schéma d'intégration qui permet de calculer la trajectoire de particules en simulation de dynamique moléculaire. Cette méthode offre une meilleure stabilité que la plus simple méthode d'Euler (créée au ), de même que d'importantes propriétés dans les systèmes physiques, telles que la réversibilité dans le temps et la conservation de propriété. À première vue, il peut sembler naturel de calculer les trajectoires en utilisant la méthode d'Euler. Cependant, ce type d'intégration souffre de nombreux problèmes.
GROMACSGROMACS is a molecular dynamics package mainly designed for simulations of proteins, lipids, and nucleic acids. It was originally developed in the Biophysical Chemistry department of University of Groningen, and is now maintained by contributors in universities and research centers worldwide. GROMACS is one of the fastest and most popular software packages available, and can run on central processing units (CPUs) and graphics processing units (GPUs). It is free, open-source software released under the GNU General Public License (GPL), and starting with version 4.
Effet hydrophobevignette|Une goutte d'eau forme une forme sphérique, minimisant le contact avec la feuille hydrophobe. L'effet hydrophobe est la tendance observée des substances non polaires à s'agréger dans une solution aqueuse et à exclure les molécules d'eau. Le mot « hydrophobe » signifie littéralement « craignant l'eau », et il décrit la ségrégation de l'eau et des substances non polaires, ce qui maximise la liaison hydrogène entre les molécules d'eau et minimise la zone de contact entre l'eau et les molécules non polaires.
Spartan (chemistry software)Spartan is a molecular modelling and computational chemistry application from Wavefunction. It contains code for molecular mechanics, semi-empirical methods, ab initio models, density functional models, post-Hartree–Fock models, and thermochemical recipes including G3(MP2) and T1. Quantum chemistry calculations in Spartan are powered by Q-Chem. Primary functions are to supply information about structures, relative stabilities and other properties of isolated molecules.
Energy minimizationIn the field of computational chemistry, energy minimization (also called energy optimization, geometry minimization, or geometry optimization) is the process of finding an arrangement in space of a collection of atoms where, according to some computational model of chemical bonding, the net inter-atomic force on each atom is acceptably close to zero and the position on the potential energy surface (PES) is a stationary point (described later).
