Amarrage (moléculaire)vignette|Petite molécule amarrée à une protéine. Dans le domaine de la modélisation moléculaire, l’amarrage (en anglais docking) est une méthode qui calcule l'orientation préférée d'une molécule vers une seconde lorsqu'elles sont liées pour former un complexe stable. Connaître l'orientation préférée sert à prévoir la solidité de l'union entre deux molécules. Les associations entre des molécules d'importance biologique, telles que les protéines, les acides nucléiques, les glucides et les matières grasses jouent un rôle essentiel dans la transduction de signal.
Changement conformationnelvignette|Exemple de changement conformationnel En biochimie, un changement conformationnel est la transition entre deux géométries moléculaires, souvent induite par des facteurs environnementaux. Une macromolécule est le plus souvent flexible et dynamique, chaque configuration tridimensionnelle possible définissant une conformation. La forme d'une macromolécule peut se modifier en réponse à un changement dans les paramètres environnementaux tels que la température, le pH (acidité, basicité), le champ électrique, la salinité, la lumière (sur les chromophores), la phosphorylation ou la liaison d'un ligand.
Inhibiteur de ribonucléasevignette|Répétition riche en leucine de l'inhibiteur de ribonucléase de porc () montrant sa configuration en fer à cheval, dont l'extérieur est constitué d' tandis que l'intérieur est constitué de parallèles. Les diamètres intérieur et extérieur sont respectivement de et . vignette|Vue latérale (de l'intérieur du fer à cheval) du domaine LRR de l'inhibiteur de ribonucléase porcin (). L'extrémité est en bleu, l'extrémité est en rouge. L'inhibiteur de ribonucléase est une protéine d'environ contenant environ d'acides aminés et ayant un point isoélectrique acide voisin de 4,7.
Schild equationIn pharmacology, Schild regression analysis, based upon the Schild equation, both named for Heinz Otto Schild, are tools for studying the effects of agonists and antagonists on the response caused by the receptor or on ligand-receptor binding. Dose-response curves can be constructed to describe response or ligand-receptor complex formation as a function of the ligand concentration. Antagonists make it harder to form these complexes by inhibiting interactions of the ligand with its receptor.
CholinergicCholinomimetic Cholinergic agents are compounds which mimic the action of acetylcholine and/or butyrylcholine. In general, the word "choline" describes the various quaternary ammonium salts containing the N,N,N-trimethylethanolammonium cation. Found in most animal tissues, choline is a primary component of the neurotransmitter acetylcholine and functions with inositol as a basic constituent of lecithin. Choline also prevents fat deposits in the liver and facilitates the movement of fats into cells.
Functional selectivityFunctional selectivity (or “agonist trafficking”, “biased agonism”, “biased signaling”, "ligand bias" and “differential engagement”) is the ligand-dependent selectivity for certain signal transduction pathways relative to a reference ligand (often the endogenous hormone or peptide) at the same receptor. Functional selectivity can be present when a receptor has several possible signal transduction pathways. To which degree each pathway is activated thus depends on which ligand binds to the receptor.
Récepteur métabotropeLes sont des protéines membranaires qui en réponse à la fixation d'un ligand changent leur conformation et activent une cascade d'événements intracellulaires. Les récepteurs de neurotransmetteurs peuvent être distingués en deux catégories: ionotropes et métabotropes. Tous deux mettent en jeu l'ouverture de canaux ioniques sous l'action d'un neurotransmetteur, c'est-à-dire la conversion d'un signal chimique pré-synaptique (neurotransmetteur) en signal électrique post-synaptique (grâce à un flux d'ions).
Cyclic nucleotide–gated ion channelCyclic nucleotide–gated ion channels or CNG channels are ion channels that function in response to the binding of cyclic nucleotides. CNG channels are nonselective cation channels that are found in the membranes of various tissue and cell types, and are significant in sensory transduction as well as cellular development. Their function can be the result of a combination of the binding of cyclic nucleotides (cGMP and cAMP) and either a depolarization or a hyperpolarization event.
Virtual screeningVirtual screening (VS) is a computational technique used in drug discovery to search libraries of small molecules in order to identify those structures which are most likely to bind to a drug target, typically a protein receptor or enzyme. Virtual screening has been defined as "automatically evaluating very large libraries of compounds" using computer programs. As this definition suggests, VS has largely been a numbers game focusing on how the enormous chemical space of over 1060 conceivable compounds can be filtered to a manageable number that can be synthesized, purchased, and tested.
