Structure secondaire d'un acide nucléique

vignette|Représentation des structures des acides nucléiques (primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire) schématisant des doubles hélices d'ADN et des exemples tels que le ribozyme VS, la télomérase et le nucléosome (PDB : ADNA, 1BNA, 4OCB, 4R4V, 1YMO, 1EQZ). La structure secondaire d'un acide nucléique correspond à la conformation obtenue par les interactions entre les paires de bases au sein d'un seul polymère d'acide nucléique ou bien entre deux de ces polymères. Cette structure peut être représentée comme une liste de bases appariées avec une molécule d'acide nucléique. Les structures secondaires des ADN et ARN biologiques ont tendance à être différentes : l'ADN biologique existe en majorité sous forme de double hélice où toutes les bases sont appariées, alors que l'ARN biologique est simple brin et forme souvent des interactions entre paires de bases assez complexes en raison de sa capacité accrue à former des liaisons hydrogène issues du groupe hydroxyle extérieur au niveau de chaque ribose. Dans un contexte non biologique, la structure secondaire constitue une donnée importante à considérer dans la conception de structures d'acides nucléiques dans le domaine des nanotechnologies en ADN et des ordinateurs à ADN, car le motif d'appariement de bases détermine la structure globale des molécules. Paire de bases En biologie moléculaire, deux nucléotides situés sur des brins complémentaires d'ADN ou d'ARN et liés par des liaisons hydrogène sont appelés "paire de bases" (souvent abrégé en pb, ou bp pour base pair en anglais). Dans l'appariement canonique de Watson et Crick, l'adénine (A) forme une paire de bases avec la thymine (T), et la guanine (G) forme une paire de bases avec la cytosine (C) dans l'ADN. Dans l'ARN, la thymine est remplacée par l'uracile (U). Des motifs de liaisons hydrogène alternatifs, comme le wobble pairing et l'appariement Hoogsteen, peuvent également avoir lieu — particulièrement dans l'ARN —, ce qui donne naissance à des structures tertiaires fonctionnelles et complexes.

À propos de ce résultat

Cette page est générée automatiquement et peut contenir des informations qui ne sont pas correctes, complètes, à jour ou pertinentes par rapport à votre recherche. Il en va de même pour toutes les autres pages de ce site. Veillez à vérifier les informations auprès des sources officielles de l'EPFL.

Publications associées (135)

Personnes associées (27)

Unités associées (12)

Concepts associés (7)

Cours associés (4)

Séances de cours associées (27)

Tétraboucle

thumb|right|structure d'une tétraboucle GNRA. Le G et le A forment une paire de base non-canonique et l'ensemble des bases sont empilées Une tétraboucle ou tetralooop est un motif de quatre nucléotides que l'on observe dans la structure de certains ARN. Ce sont des boucles très stables qui terminent des régions en hélice. Trois principales classes de tétraboucles ont été observées : les boucles GNRA (ou N représente A, G, C ou U et R représente A ou G), les boucles UNCG et les boucles CUUG.

Structure de l'ARN

thumb|right|300 px|Structure 3D d'un ARN régulateur (riboswitch) La structure de l'ARN décrit l'arrangement des paires de bases et de la conformation de l'ARN en trois dimensions. L'ARN étant trouvé le plus souvent sous forme de simple-brin dans la cellule, il se replie en effet sur lui-même en formant des appariements Watson-Crick intramoléculaires. Ceci conduit à la formation de régions localement en hélice et de régions en boucle où les bases ne sont pas appariées.

Nucleic acid structure prediction

Nucleic acid structure prediction is a computational method to determine secondary and tertiary nucleic acid structure from its sequence. Secondary structure can be predicted from one or several nucleic acid sequences. Tertiary structure can be predicted from the sequence, or by comparative modeling (when the structure of a homologous sequence is known).

CH-311: Macromolecular structure and interactions

This course covers the basic biophysical principles governing the thermodynamic and kinetic properties of biomacromolecules involved in chemical processes of life. The course is held in English.

BIO-212: Biological chemistry I

Biochemistry is a key discipline for the Life Sciences. Biological Chemistry I and II are two tightly interconnected courses that aim to describe and understand in molecular terms the processes that m

CH-210: Biochemistry

Les constituants biochimiques de l'organisme, protéines, glucides, lipides, à la lumière de l'évolution des concepts et des progrès en biologie moléculaire et génétique, sont étudiés.

Conception des protéines : Biologie synthétique BIOENG-320: Synthetic biology

Explore les principes de conception des protéines, les défis dans la stabilité des protéines membranaires et les approches computationnelles pour optimiser les structures protéiques.

Analyse des protéines : Détermination des propriétés physico-chimiques BIO-212: Biological chemistry I

Couvre les méthodes expérimentales et computationnelles pour analyser les propriétés physico-chimiques des protéines.

Protéines: structure, fonction et mécanismes BIO-212: Biological chemistry I

Explore la structure, la fonction et les mécanismes des protéines, des enzymes, des protéines motrices, des protéines de transport et des canaux ioniques dans les processus cellulaires.

Towards improving full-length ribosome density prediction by bridging sequence and graph-based representations

Pierre Vandergheynst, Felix Naef, Cédric Gobet, Francesco Craighero, Mohan Vamsi Nallapareddy

Translation elongation plays an important role in regulating protein concentrations in the cell, and dysregulation of this process has been linked to several human diseases. In this study, we use data from ribo-seq experiments to model ribosome dwell times ...

2024

Bioengineered Tubular Biliary Organoids

Matthias Lütolf, Bilge Sen Elçi, Saba Rezakhani, Mikhail Nikolaev

Liver organoids have emerged as promising in vitro models for toxicology, drug discovery, and disease modeling. However, conventional 3D epithelial organoid culture systems suffer from significant drawbacks, including limited culture duration, a nonphysiol ...

Hoboken2024

Secondary structure of the human mitochondrial genome affects formation of deletions

Jacques Fellay, Konstantin Popadin, Dmitry Knorre

BackgroundAging in postmitotic tissues is associated with clonal expansion of somatic mitochondrial deletions, the origin of which is not well understood. Such deletions are often flanked by direct nucleotide repeats, but this alone does not fully explain ...

BMC2023