Structure secondaire d'un acide nucléique

vignette|Représentation des structures des acides nucléiques (primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire) schématisant des doubles hélices d'ADN et des exemples tels que le ribozyme VS, la télomérase et le nucléosome (PDB : ADNA, 1BNA, 4OCB, 4R4V, 1YMO, 1EQZ). La structure secondaire d'un acide nucléique correspond à la conformation obtenue par les interactions entre les paires de bases au sein d'un seul polymère d'acide nucléique ou bien entre deux de ces polymères. Cette structure peut être représentée comme une liste de bases appariées avec une molécule d'acide nucléique. Les structures secondaires des ADN et ARN biologiques ont tendance à être différentes : l'ADN biologique existe en majorité sous forme de double hélice où toutes les bases sont appariées, alors que l'ARN biologique est simple brin et forme souvent des interactions entre paires de bases assez complexes en raison de sa capacité accrue à former des liaisons hydrogène issues du groupe hydroxyle extérieur au niveau de chaque ribose. Dans un contexte non biologique, la structure secondaire constitue une donnée importante à considérer dans la conception de structures d'acides nucléiques dans le domaine des nanotechnologies en ADN et des ordinateurs à ADN, car le motif d'appariement de bases détermine la structure globale des molécules. Paire de bases En biologie moléculaire, deux nucléotides situés sur des brins complémentaires d'ADN ou d'ARN et liés par des liaisons hydrogène sont appelés "paire de bases" (souvent abrégé en pb, ou bp pour base pair en anglais). Dans l'appariement canonique de Watson et Crick, l'adénine (A) forme une paire de bases avec la thymine (T), et la guanine (G) forme une paire de bases avec la cytosine (C) dans l'ADN. Dans l'ARN, la thymine est remplacée par l'uracile (U). Des motifs de liaisons hydrogène alternatifs, comme le wobble pairing et l'appariement Hoogsteen, peuvent également avoir lieu — particulièrement dans l'ARN —, ce qui donne naissance à des structures tertiaires fonctionnelles et complexes.