Concept
Rhizosphère
Concepts associés (18)
Pseudomonas fluorescens
vignette|redresse=1.7|L'exemple du piétin-échaudage illustre la suppressivité des sols, attribuée à la présence de bactéries du sol du sous-groupe Pseudomonas fluorescens, rhizobactéries favorisant la croissance des plantes et qui produisent un antibiotique fongique (le DAGP) permettant de réguler le piétin-échaudage du blé causé par le champignon Gaeumannomyces graminis. Pseudomonas fluorescens est un des sous-groupes bactériens appartenant au groupe des Pseudomonas fluorescens.
Bactérie
Le terme bactérie est un nom vernaculaire qui désigne certains organismes vivants microscopiques et procaryotes présents dans tous les milieux. Le plus souvent unicellulaires, elles sont parfois pluricellulaires (généralement filamenteuses), la plupart des espèces bactériennes ne vivant pas individuellement en suspension, mais en communautés complexes adhérant à des surfaces au sein d'un gel muqueux (biofilm). vignette|200px|Coques à gauche, Spirillum au centre, bacille à droite.
Fungi
vignette|La présence de sporophores en console du Polypore amadouvier sur le volis et la chandelle d'un hêtre montre que ce dernier a été attaqué par ce champignon nécrotrophe lignicole à l'origine de la pourriture blanche qui creuse le cœur de l'arbre qu'il parasite en le faisant mourir d'épuisement. La poursuite du développement de ce macromycète sur le volis entraîne une modification rapide de l'orientation de la « fructification » en croissance, afin de pouvoir projeter les spores fongiques dans les conditions optimales.
Archaea
Les archées () ou Archaea (du grec ancien , « originel, primitif »), anciennement appelés archéobactéries, sont des microorganismes unicellulaires procaryotes, c'est-à-dire des êtres vivants constitués d'une cellule unique qui ne comprend ni noyau ni organites, à l'instar des bactéries. D'apparence souvent semblable à ces dernières, les archées ont longtemps été considérées comme des bactéries extrêmophiles particulières, jusqu'à ce que les recherches phylogénétiques sur les procaryotes, commencées en 1965, aboutissent, avec les travaux de Carl Woese et George E.
Bacteroidota
Les Bacteroidota – anciennement Bacteroidetes – sont un embranchement (ou encore phylum, ou division) du règne des Bacteria. Son nom provient de Bacteroides qui est le genre type de cet embranchement. Ces bactéries sont largement répandues dans l'environnement, notamment dans le sol, dans les sédiments, l'eau de mer et dans les intestins d'animaux. De loin, la classe des Bacteroidales est l'une des plus étudiées, notamment les genres Bacteroides (organismes abondants dans les selles des animaux à sang chaud, dont les humains) et Porphyromonas (un groupe d'organismes vivant dans la cavité buccale de l'Homme).
Ectomycorhize
vignette|Différents types d'ectomycorhizes en manchon sur des racines d'arbres. Les ectomycorhizes sont une forme de symbiose mycorhizienne entre des champignons ascomycètes dont les truffes et surtout basidiomycètes dont les Bolets, les Amanites et les Russules et environ 10 % des espèces végétales vasculaires, essentiellement des arbres de l'hémisphère nord. Dans cette association, le champignon forme un manchon cotonneux bien visible et souvent coloré autour de la racine.
Endophyte
vignette|upright=2|Phytobiome (ou microbiome d'un végétal) occupant l'endosphère (l'intérieur de la plante : endophyte) mais aussi d'autres compartiments : la rhizosphère (sur et à proximité des racines), la phyllosphère (sur et sous les feuilles uniquement). On retrouve aussi sur (voire dans) la plante des microbes plus ou moins ubiquistes et opportunistes, éventuellement pathogènes provenant de l'air et du sol. vignette|Vue au microscope électronique à transmission d'une section transversale d'un nodule racinaire bactérien endophyte dans une racine de soja.
Extracellular polymeric substance
Extracellular polymeric substances (EPSs) are natural polymers of high molecular weight secreted by microorganisms into their environment. EPSs establish the functional and structural integrity of biofilms, and are considered the fundamental component that determines the physicochemical properties of a biofilm. EPS in the matrix of biofilms provides compositional support and protection of microbial communities from the harsh environments. Components of EPS can be of different classes of polysaccharides, lipids, nucleic acids, proteins, lipopolysaccharides, and minerals.
Arbre
vignette|Les arbres sont notamment représentés par des espèces du groupe des plantes à fleurs comme ces jacarandas au Zimbabwe. vignette|Même les arbres les plus majestueux commencent leur existence sous forme de modestes plantules, comme celle-ci de hêtre (Fagus sylvatica). vignette|Les arbres contribuent significativement au bien-être et à la subsistance des sociétés humaines. De nombreuses espèces produisent des fruits comestibles, comme ici l'arbre à pain (Artocarpus altilis).
Prokaryota
Un procaryote est un micro-organisme unicellulaire dont la structure cellulaire ne comporte pas de noyau, et presque jamais d'organites membranés (la seule exception étant les thylakoïdes chez les cyanobactéries). Les procaryotes actuels sont les bactéries et les archées. Les Prokaryota ne constituent pas un taxon valide du point de vue de la phylogénie. Dans la classification du vivant en sept règnes, les procaryotes formaient un taxon paraphylétique, regroupant ainsi des êtres vivants partageant une structure cellulaire similaire et simple.