Prédiction de la structure protéique : AlphaFold Evolution et OpenFold Insights

Cette séance de cours couvre l'évolution des techniques de prédiction de la structure des protéines, en mettant l'accent sur AlphaFold 1 et AlphaFold 2. Il explique les modules et les mécanismes derrière AlphaFold 1, soulignant l'utilisation de l'alignement des séquences multiples (MSA) et de l'analyse des contraintes de distance (DCA). La séance de cours s'inscrit ensuite dans les avancées d'AlphaFold 2, mettant l'accent sur sa nouvelle approche basée sur les concepts de traitement du langage naturel. De plus, il traite de la démocratisation de l'IA pour la biologie par OpenFold, fournissant de nouvelles perspectives sur les mécanismes d'apprentissage d'AlphaFold2. La séance de cours aborde également les différences entre AlphaFold et DCA, les perspectives d'avenir des méthodes de type DCA, et l'exploration non supervisée des paysages séquentiels à l'aide de transformateurs et de mécanismes d'attention.

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Séances de cours associées (11)

Concepts associés (101)

PHYS-754: Lecture series on scientific machine learning

This lecture presents ongoing work on how scientific questions can be tackled using machine learning. Machine learning enables extracting knowledge from data computationally and in an automatized way.

Arbre phylogénétique

vignette|upright=1.5|Arbre phylogénétique, basé sur le génome d'après Ciccarelli et al. (2006), mettant en évidence les trois domaines du vivant : les eucaryotes en rose (animaux, champignons, plantes et protistes), les bactéries en bleu, et les archées en vert. Un arbre phylogénétique est un arbre schématique qui montre les relations de parenté entre des groupes d'êtres vivants. Chacun des nœuds de l'arbre représente l'ancêtre commun de ses descendants ; le nom qu'il porte est celui du clade formé des groupes frères qui lui appartiennent, non celui de l'ancêtre qui reste impossible à déterminer.

Classification phylogénétique

La classification phylogénétique ou classification cladistique est une forme de classification des êtres vivants qui repose sur leur phylogénie. Elle prend son origine dans les travaux d'une école de taxonomie dite systématique phylogénétique ou systématique cladistique ou cladisme. Cette approche a pour objectif de rendre compte des relations de parenté entre les taxons, s’agissant seulement de l'apparentement, c'est-à-dire des relations de groupes frères et non des relations généalogiques d'ancêtres à descendants, entre des groupes d'organismes quel que soit leur rang taxonomique.

Computational phylogenetics

Computational phylogenetics is the application of computational algorithms, methods, and programs to phylogenetic analyses. The goal is to assemble a phylogenetic tree representing a hypothesis about the evolutionary ancestry of a set of genes, species, or other taxa. For example, these techniques have been used to explore the family tree of hominid species and the relationships between specific genes shared by many types of organisms.

Acknowledgement (data networks)

In data networking, telecommunications, and computer buses, an acknowledgment (ACK) is a signal that is passed between communicating processes, computers, or devices to signify acknowledgment, or receipt of message, as part of a communications protocol. The negative-acknowledgement (NAK or NACK) is a signal that is sent to reject a previously received message or to indicate some kind of error. Acknowledgments and negative acknowledgments inform a sender of the receiver's state so that it can adjust its own state accordingly.

Retransmission (data networks)

Retransmission, essentially identical with automatic repeat request (ARQ), is the resending of packets which have been either damaged or lost. Retransmission is one of the basic mechanisms used by protocols operating over a packet switched computer network to provide reliable communication (such as that provided by a reliable byte stream, for example TCP). Such networks are usually "unreliable", meaning they offer no guarantees that they will not delay, damage, or lose packets, or deliver them out of order.

Pliage des protéines: structure et conception

Explore le repliement des protéines, les interactions hydrophobes, les conformations compactes, le modèle HP, la co-évolution et les méthodes de calcul.

Polymères de protéines: Biophysics Insights

Se penche sur les polymères protéiques, discutant de la co-évolution, de la diffusion, des structures protéiques et des méthodes expérimentales.

Biophysique: Pliage des polymères et organisation de l'ADN

Explore le pliage des polymères, les interactions hydrophobes et l'organisation de l'ADN, en soulignant leur importance biologique.

Protéines : Dogme central et traduction PHYS-441: Statistical physics of biomacromolecules

Explique la synthèse des protéines, la traduction et le dogme central de la biologie moléculaire.

Pliage des protéines: structure et interactions PHYS-441: Statistical physics of biomacromolecules

Explore le repliement des protéines, les acides aminés, la traduction de l'ARN et les forces attrayantes, en soulignant l'importance de la conformation à l'état natif et des structures compactes.