Fonctions et interactions des protéines: analyse de séquence

Cette séance de cours se penche sur la prédiction de la structure des protéines à partir de données de séquence en utilisant l'analyse de couplage direct (DCA) et en inférant des partenaires d'interaction via l'algorithme de couplage itératif (IPA). La méthode DCA permet la prédiction complète de la structure 3D des protéines, en mettant l'accent sur les contacts inférés évolutifs et les calculs de pliage. Les limites et les performances du DCA sont discutées, soulignant son efficacité dans la prédiction des contacts 3D. La séance de cours couvre également la co-évolution et les corrélations entre les partenaires en interaction, en utilisant des systèmes à deux composants bactériens comme ensemble de données. La méthode basée sur DCA, IPA, est expliquée en détail, en mettant l'accent sur les corrélations, les couplages directs et les énergies d'interaction. La séance de cours se termine par un aperçu de l'impact de la covariation des séquences sur les interactions protéine-protéine et des perspectives futures sur l'amélioration de la prédiction de l'IPP et la compréhension du rôle de la contingence historique dans les séquences protéiques.