Contraintes en dynamique moléculaire : théorie et algorithme SHAKE

Cette séance de cours couvre la théorie derrière les contraintes dans les simulations de dynamique moléculaire, en se concentrant sur la motivation à geler les vibrations rapides, le découplage entre les mouvements rapides et lents, et l'étude des mouvements contraints. Il explique la théorie formelle avec des contraintes holonomiques et la méthode des multiplicateurs de Lagrange. La séance de cours traite également de l'application explicite des contraintes, de l'application de contraintes à des cas simples et de la méthode générale utilisant les paramètres de Lagrange. L'algorithme SHAKE est détaillé, y compris un organigramme schématique, des mises à jour partielles et des considérations telles que l'absence d'exigence d'inversion de matrice et le recalcul des dérivés pour une meilleure convergence.