Contraintes en dynamique moléculaire : théorie et algorithme SHAKE
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Explore les simulations de dynamique moléculaire sous des contraintes holonomiques, en se concentrant sur l'intégration numérique et la formulation d'algorithmes.
Couvre les contraintes, les équations de Lagrange, les coordonnées généralisées, les coordonnées cycliques, les lois de conservation et le formalisme de Hamilton.
Couvre les méthodes de variation, les formes d'équilibre, l'élastique d'Euler et les méthodes numériques et analytiques pour résoudre l'élastique d'Euler.
Discute de l'importance de geler les vibrations rapides dans les simulations de dynamique moléculaire pour suivre les phénomènes physiques sur des échelles de temps plus longues.
