Système immunitaire innévignette|Schéma simplifié de l'homéostasie et de la réponse immunitaire au niveau de la barrière intestinale. Le système immunitaire inné comprend les cellules et les mécanismes permettant la défense immédiate de l'organisme contre les agents infectieux de façon immédiate car elle ne nécessite pas de division cellulaire. Il s'oppose en cela au système immunitaire adaptatif, qui confère une protection plus tardive mais plus durable, et qui nécessite une division cellulaire (lymphocyte B et T).
Barrière muqueuse intestinalevignette|500x500px| Éléments physiques, biochimiques et immunitaires de la barrière muqueuse intestinale. La barrière muqueuse intestinale, également appelée barrière intestinale, fait référence à la propriété de la muqueuse intestinale qui assure un confinement adéquat du contenu luminal indésirable dans l'intestin tout en préservant la capacité d'absorber les nutriments. La séparation entre le corps et les intestins empêche la translocation incontrôlée du contenu luminal dans le corps proprement dit.
Épithélium intestinalvignette|Structure schématique d'une villosité intestinale. Les entérocytes proviennent des cellules souches indifférenciées localisées dans les cryptes (4 à 6 par cryptes). L'épithélium intestinal est la couche de cellules qui recouvre les villosités de l'intérieur de l'intestin et qui fait la liaison entre l'intérieur de l'intestin et l'intérieur de l'organisme. Cet épithélium est de type prismatique unistratifié (ou simple) à plateau strié.
Tolérance (immunologie)vignette|À l'intérieur du thymus, les lymphocytes T sont soumis à un examen minutieux ; ils subissent une sélection positive et négative En immunologie, la tolérance est l'absence ou le faible niveau de réaction inflammatoire face à un antigène. Son contraire est l'anaphylaxie. On distingue : la tolérance centrale, relative à la maturation des lymphocytes B et T, ainsi qu'à la reconnaissance et tolérance du soi ; la tolérance périphérique, relative aux lymphocytes B et T matures dans le système lymphatique périphérique ainsi qu'à leur faible activation en cas d'absence de promoteur de la réaction inflammatoire, ou en présence de facteurs de régulation (diminution) de la réaction inflammatoire.
Mucusvignette|Chez quelques espèces d'insectes, dont Lilioceris lilii, les larves s'enveloppent d'un mélange de mucus, d'excréments et d'exuvies imprégnés de molécules antibiotiques ou répulsives pour la plupart de leurs prédateurs. L'odeur de ce manteau d'excretas et d'exuvies attire néanmoins des prédateurs spécialisés qui ont probablement coévolué avec ces insectes.
Pathogenic bacteriaPathogenic bacteria are bacteria that can cause disease. This article focuses on the bacteria that are pathogenic to humans. Most species of bacteria are harmless and are often beneficial but others can cause infectious diseases. The number of these pathogenic species in humans is estimated to be fewer than a hundred. By contrast, several thousand species are part of the gut flora present in the digestive tract.
Muqueusevignette|Organisation d'une muqueuse (épithélium, membrane basale et chorion). En rouge, un vaisseau qui va nourrir l'épithélium grâce au chorion. Une muqueuse (du latin mucus) est une mince couche de tissu constituée d'un épithélium, et de tissu conjonctif sous-jacent qui se nomme chorion. Les muqueuses tapissent les cavités du corps qui sont en continuité avec la peau. Épithélium et chorion sont séparés par une lame basale. L'infection d'une muqueuse est appelée « mucite ».
Gros intestinLe gros intestin est le dernier segment du tube digestif des vertébrés. Il fait suite à l’intestin grêle et s’étend de la valvule iléo-cæcale à l’anus ou au cloaque. En anatomie, il est divisé en deux parties : le côlon et le rectum (plus parfois le canal anal). En médecine, ce terme est parfois considéré comme synonyme de « côlon ». Le gros intestin assure le transport et le stockage des "déchets" de la digestion. Il permet de récupérer l'eau de ces matières indigestes, afin de les épaissir, puis de les compacter sous forme de selles.
Microbiote de l'organisme humainLe microbiote de l'organisme humain, anciennement dénommé flore microbienne de l'organisme humain, est l'ensemble des bactéries, microchampignons et autres micro-organismes que le corps humain contient en grand nombre. Le plus étudié des microbiotes humains est le microbiote intestinal. Le microbiote intestinal est extrêmement divers (biodiversité taxonomique, génétique et fonctionnelle). Il varie selon les individus et fluctue dans le temps, surtout dans les mois qui suivent la naissance et en période de maladie.
BactérieLe terme bactérie est un nom vernaculaire qui désigne certains organismes vivants microscopiques et procaryotes présents dans tous les milieux. Le plus souvent unicellulaires, elles sont parfois pluricellulaires (généralement filamenteuses), la plupart des espèces bactériennes ne vivant pas individuellement en suspension, mais en communautés complexes adhérant à des surfaces au sein d'un gel muqueux (biofilm). vignette|200px|Coques à gauche, Spirillum au centre, bacille à droite.
