Speeding up Markov Chain Monte Carlo without Likelihood
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This article presents the implementation and initial test results for an algorithm called SuffStat MCMC, which aims to speed up Approximate Bayesian Computation without likelihood.
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Les méthodes de Monte-Carlo par chaînes de Markov, ou méthodes MCMC pour Markov chain Monte Carlo en anglais, sont une classe de méthodes d'échantillonnage à partir de distributions de probabilité. Ces méthodes de Monte-Carlo se basent sur le parcours de chaînes de Markov qui ont pour lois stationnaires les distributions à échantillonner. Certaines méthodes utilisent des marches aléatoires sur les chaînes de Markov (algorithme de Metropolis-Hastings, échantillonnage de Gibbs), alors que d'autres algorithmes, plus complexes, introduisent des contraintes sur les parcours pour essayer d'accélérer la convergence (Monte Carlo Hybride, Surrelaxation successive).
vignette|Exemple élémentaire de chaîne de Markov, à deux états A et E. Les flèches indiquent les probabilités de transition d'un état à un autre. En mathématiques, une chaîne de Markov est un processus de Markov à temps discret, ou à temps continu et à espace d'états discret. Un processus de Markov est un processus stochastique possédant la propriété de Markov : l'information utile pour la prédiction du futur est entièrement contenue dans l'état présent du processus et n'est pas dépendante des états antérieurs (le système n'a pas de « mémoire »).
Une méthode de Monte-Carlo, ou méthode Monte-Carlo, est une méthode algorithmique visant à calculer une valeur numérique approchée en utilisant des procédés aléatoires, c'est-à-dire des techniques probabilistes. Les méthodes de Monte-Carlo sont particulièrement utilisées pour calculer des intégrales en dimensions plus grandes que 1 (en particulier, pour calculer des surfaces et des volumes). Elles sont également couramment utilisées en physique des particules, où des simulations probabilistes permettent d'estimer la forme d'un signal ou la sensibilité d'un détecteur.
This thesis is devoted to the construction, analysis, and implementation of two types of hierarchical Markov Chain Monte Carlo (MCMC) methods for the solution of large-scale Bayesian Inverse Problems (BIP).The first hierarchical method we present is based ...
Spatial count data models are used to explain and predict the frequency of phenomena such as traffic accidents in geographically distinct entities such as census tracts or road segments. These models are typically estimated using Bayesian Markov chain Mont ...
In the current work we present two generalizations of the Parallel Tempering algorithm, inspired by the so-called continuous-time Infinite Swapping algorithm. Such a method, found its origins in the molecular dynamics community, and can be understood as th ...