Fungivignette|La présence de sporophores en console du Polypore amadouvier sur le volis et la chandelle d'un hêtre montre que ce dernier a été attaqué par ce champignon nécrotrophe lignicole à l'origine de la pourriture blanche qui creuse le cœur de l'arbre qu'il parasite en le faisant mourir d'épuisement. La poursuite du développement de ce macromycète sur le volis entraîne une modification rapide de l'orientation de la « fructification » en croissance, afin de pouvoir projeter les spores fongiques dans les conditions optimales.
Mycorhizevignette|redresse=1.7|Les filaments mycéliens d'amanite viennent s'agglomérer autour d'un réseau de radicelles pour former un manchon mycélien, appelé manteau fongique. Le manchon de cette ectomycorhize développe vers l'extérieur un réseau constitué d'hyphes, de cordons mycéliens et de rhizomorphes qui explorent le sol jusqu'à plusieurs centimètres de la racine et prélèvent l'eau et les éléments minéraux en accroissant la surface d'échange avec le substrat.
BioremédiationLa bioremédiation consiste en la décontamination de milieux pollués au moyen de techniques issues de la dégradation chimique ou d'autres activités d'organismes vivants. Empiler et humidifier des résidus organiques permet la décomposition biologique : un processus connu comme le compostage de déchets organiques. La technologie a été étendue pour inclure le traitement de déchets alimentaires, des déchets agricoles et des eaux usées. Plus récemment, la bioremédiation a été appliquée au traitement des déchets dangereux.
Ectomycorrhizal extramatrical myceliumEctomycorrhizal extramatrical mycelium (also known as extraradical mycelium) is the collection of filamentous fungal hyphae emanating from ectomycorrhizas. It may be composed of fine, hydrophilic hypha which branches frequently to explore and exploit the soil matrix or may aggregate to form rhizomorphs; highly differentiated, hydrophobic, enduring, transport structures. Apart from mycorrhizas, extramatrical mycelium is the primary vegetative body of ectomycorrhizal fungi.
HypheUn hyphe est un élément végétatif filamenteux, souvent à plusieurs noyaux cellulaires (multinucléaire), caractéristique des champignons, de certaines algues et de certains protistes végétaux. Il peut mesurer plusieurs centimètres de long mais n'avoir que quelques microns de diamètre et donc, à l'état isolé, être invisible à l’œil nu. En mycologie, c’est le constituant essentiel du sporophore et du mycélium. Ces filaments deviennent visibles lorsqu'ils sont réunis en cordons suffisamment gros ; on parle alors de mycélium.
Ectomycorhizevignette|Différents types d'ectomycorhizes en manchon sur des racines d'arbres. Les ectomycorhizes sont une forme de symbiose mycorhizienne entre des champignons ascomycètes dont les truffes et surtout basidiomycètes dont les Bolets, les Amanites et les Russules et environ 10 % des espèces végétales vasculaires, essentiellement des arbres de l'hémisphère nord. Dans cette association, le champignon forme un manchon cotonneux bien visible et souvent coloré autour de la racine.
Champignon mycorhizien arbusculairevignette|upright=1.5| vignette|upright=1.5| Mycorhizes vésiculaires arbusculaires Un champignon mycorhizien arbusculaire (ou endomycorhizien), ou CMA est un champignon symbiote de nombreuses plantes terrestre, qui produit un type de mycorhize particulier, où le champignon symbiote (champignons AM, ou CMA) pénètre dans les cellules corticales des racines d'une plante vasculaire en formant des arbuscules (à ne pas confondre avec l'ectomycorhize ou la mycorhize éricoïde).
BioaugmentationBiological augmentation is the addition of archaea or bacterial cultures required to speed up the rate of degradation of a contaminant. Organisms that originate from contaminated areas may already be able to break down waste, but perhaps inefficiently and slowly. Bioaugmentation is a type of bioremediation in which it requires studying the indigenous varieties present in the location to determine if biostimulation is possible.
MycoremédiationLa mycoremédiation (parfois aussi appelée fongoremédiation) est l'ensemble des techniques utilisant une ou plusieurs espèces de champignons pour épurer un milieu (eau, air, sol) ou un substrat de culture d'un ou plusieurs polluants ou éléments chimiques indésirables. C'est une technique initialement promue par Paul Stamets et d'autres mycologues qui préconisent de développer la culture de champignons, et qui considèrent la fungiculture comme une source importante de nourriture et de molécules utiles pour le futur, mais aussi comme un moyen d'améliorer les techniques de bioremédiation.
Pollution des solsthumb|right|Certaines fumées industrielles chargées de résidus de combustion et de divers polluants sont une des sources de retombées susceptibles de polluer les sols. thumb|Déchets de munitions explosées et autres déchets militaires (plan de Canjuers), après ratissage annuel des champs de tir et avant évacuation. thumb|Restes d'une batterie au plomb, cassée et abandonnée en forêt. thumb|Décaissement d'un sol pollué par un réservoir de goudron.
