Structural alignmentStructural alignment attempts to establish homology between two or more polymer structures based on their shape and three-dimensional conformation. This process is usually applied to protein tertiary structures but can also be used for large RNA molecules. In contrast to simple structural superposition, where at least some equivalent residues of the two structures are known, structural alignment requires no a priori knowledge of equivalent positions.
Folding funnelThe folding funnel hypothesis is a specific version of the energy landscape theory of protein folding, which assumes that a protein's native state corresponds to its free energy minimum under the solution conditions usually encountered in cells. Although energy landscapes may be "rough", with many non-native local minima in which partially folded proteins can become trapped, the folding funnel hypothesis assumes that the native state is a deep free energy minimum with steep walls, corresponding to a single well-defined tertiary structure.
StructuralismeLe structuralisme est un ensemble de courants de pensée holistes apparus principalement en sciences humaines et sociales au milieu du , ayant en commun l'utilisation du terme de structure entendue comme modèle théorique (inconscient, ou non empiriquement perceptible) organisant la forme de l'objet étudié pris comme un système, l'accent étant mis moins sur les unités élémentaires de ce système que sur les relations qui les unissent.
Biosynthèse des protéinesvignette|Traduction de l'ARN messager en protéine par un ribosome. vignette|Structure générale d'un ARN de transfert. L'anticodon est en rouge. vignette|Appariement de l'anticodon d'ARNt d'alanine sur son codon d'ARNm. La biosynthèse des protéines est l'ensemble des processus biochimiques permettant aux cellules de produire leurs protéines à partir de leurs gènes afin de compenser les pertes en protéines par sécrétion ou par dégradation.
Super-famille de protéinesUne superfamille (ou super-famille) de protéines est le regroupement le plus large (clade) de protéines pour lesquelles il est possible d'identifier un ancêtre commun par homologie. Cet ancêtre commun est généralement déduit par et similitude mécanique, même lorsque aucune similitude entre les séquences n'est détectable. Les super-familles contiennent généralement plusieurs familles de protéines présentant des similitudes de séquences au sein de ces familles.
Protéine chaperonUne protéine chaperon est une protéine dont la fonction est d'assister d'autres protéines dans leur maturation en évitant la formation d'agrégats via les domaines hydrophobes présents sur leur surface lors de leur repliement tridimensionnel. Beaucoup de protéines chaperons sont des protéines de choc thermique (Heat shock proteins - Hsp), c'est-à-dire des protéines exprimées en réponse à des variations de température ou d'autres types de stress cellulaire, tel que le stress oxydant.
État natif (biochimie)vignette|Cys and Arg active site of ubiquitin activating enzyme. En biochimie, l'état natif d'une protéine est sa forme fonctionnelle ou opérative. Toutes les molécules de protéines sont des chaines linéaires d'acides aminés, mais c'est au moyen de leurs formes tridimensionnelles qu'elles sont capables de jouer leurs rôles biologiques. Les modifications de formes des protéines sont les causes primaires de maladies neurodégénératives, y compris celles causées par les prions ou encore l'amylose.
PyMOLPyMOL est un logiciel libre de visualisation de structures chimiques en 3D créé par Warren DeLano. Il est principalement utilisé par les étudiants, les professeurs et les chercheurs en chimie et en biologie structurale. Il est développé en Python et est multiplateformes. Ainsi, il fonctionne sous Windows, Mac OS X, Linux et les systèmes Unix. Ce logiciel est régulièrement utilisé pour produire des images 3D de grande qualité pour la publication scientifique.
Hypothèse de simulationvignette|The Matrix - Capture d'écran du célèbre économiseur d'écran GLMatrix L'hypothèse de simulation énonce que la réalité observable a pour trame une simulation, semblable à celles de nos ordinateurs, sans que les entités y évoluant puissent la distinguer commodément de la vraie réalité. Cette hypothèse repose elle-même sur le développement de la réalité simulée, actuellement considérée comme une technologie fictive et gravitant autour de nombreuses œuvres de science-fiction, telles Star Trek, eXistenZ, Passé virtuel ou Matrix.
Trouble de la penséeEn psychiatrie, le trouble de la pensée (TP) ou le désordre de la pensée survient lorsqu'un individu souffre de problèmes émotionnels ou comportementaux. Les symptômes peuvent inclure une fausse idée de soi-même, de la paranoïa, entendre ou voir ce que d'autres individus ne perçoivent pas, et une pensée ou parole déconnectée de la réalité ; des sentiments qui ne conviennent pas à la situation présente. Les patients souffrent d'une communication incompréhensible (de la parole à l'écriture), présumée refléter la pensée.
