Simplified Molecular Input Line Entry SpecificationLe Simplified Molecular Input Line Entry Specification ou SMILES est un langage symbolique de description de la structure des molécules chimiques sous forme de courtes chaînes de caractères ASCII. Les chaînes SMILES peuvent être importées dans la plupart des éditeurs de structure moléculaire pour être reconverties en représentation 2D ou en modèle 3D, et par conséquent, permettent de construire des bases de données informatiques (relativement) simplement.
Formule topologiqueLa formule topologique est une représentation moléculaire simplifiée utilisée en chimie organique et développée par le chimiste organicien Friedrich Kekulé. Une formule topologique fait abstraction de la représentation des atomes de carbone et d'hydrogène pour ne montrer que la structure du squelette. Le squelette d'un composé organique est la chaîne d'atomes qui, connectés les uns aux autres, forme l'essentiel de la structure du composé représenté alors que les groupes fonctionnels sont considérés comme des substituants (des « rajouts ») du squelette.
Empirical formulaIn chemistry, the empirical formula of a chemical compound is the simplest whole number ratio of atoms present in a compound. A simple example of this concept is that the empirical formula of sulfur monoxide, or SO, would simply be SO, as is the empirical formula of disulfur dioxide, S2O2. Thus, sulfur monoxide and disulfur dioxide, both compounds of sulfur and oxygen, have the same empirical formula. However, their molecular formulas, which express the number of atoms in each molecule of a chemical compound, are not the same.
IsomerIn chemistry, isomers are molecules or polyatomic ions with identical molecular formula – that is, same number of atoms of each element – but distinct arrangements of atoms in space. Isomerism refers to the existence or possibility of isomers. Isomers do not necessarily share similar chemical or physical properties. Two main forms of isomerism are structural or constitutional isomerism, in which bonds between the atoms differ; and stereoisomerism or spatial isomerism, in which the bonds are the same but the relative positions of the atoms differ.
Projection de FischerLa projection de Fischer est une représentation plane d'une molécule organique tridimensionnelle, particulièrement utilisée en chimie organique et en biochimie, notamment pour l'étude des sucres. Son nom provient de celui d'Hermann Emil Fischer qui utilisa ce type de représentation dans ses études pionnières en chimie des sucres. Toutes les liaisons chimiques non terminales sont représentées comme des lignes horizontales ou verticales. La chaîne carbonée principale se situe sur la ligne verticale.
SubstituantEn chimie organique, un substituant est un atome ou un groupe d'atomes qui remplace un ou plusieurs atomes d'hydrogène sur la chaîne principale d'un hydrocarbure. Les termes substituant et groupe fonctionnel, ainsi que d'autres (par exemple chaîne latérale), sont parfois utilisés de manière presque interchangeable pour décrire des branches d'une chaîne principale. Le suffixe -yle est utilisé pour désigner des composés organiques contenant une liaison simple remplaçant un hydrogène ; -ylidène et -ylidyne sont utilisés avec des liaisons doubles et triples, respectivement.
Projection de HaworthLa projection de Haworth est un moyen pratique de représenter la structure cyclique des oses (monosaccharides) avec une simple perspective tridimensionnelle. Le nom de cette projection vient de son créateur le chimiste anglais Walter Norman Haworth. Cette projection a les caractéristiques suivantes : Les atomes de carbone ne sont pas représentés explicitement. Dans l'exemple de droite les atomes numérotés de 1 à 6 sont tous des atomes de carbone. Les atomes d'hydrogène ne sont pas représentés explicitement.
Valence (chimie)La valence d'un élément chimique est le nombre maximal de liaisons covalentes ou ioniques qu'il peut former en fonction de sa configuration électronique. Dans une molécule ou un ion, la valence d'un atome est le nombre de liaisons covalentes que cet atome a formées. Dans un ion monoatomique, sa valence est sa charge, on parle alors d'électrovalence.
Charge formelleIn chemistry, a formal charge (F.C. or q*), in the covalent view of chemical bonding, is the hypothetical charge assigned to an atom in a molecule, assuming that electrons in all chemical bonds are shared equally between atoms, regardless of relative electronegativity. In simple terms, formal charge is the difference between the number of valence electrons of an atom in a neutral free state and the number assigned to that atom in a Lewis structure.
Natta projectionIn chemistry, the Natta projection (named for Italian chemist Giulio Natta) is a way to depict molecules with complete stereochemistry in two dimensions in a skeletal formula. In a hydrocarbon molecule with all carbon atoms making up the backbone in a tetrahedral molecular geometry, the zigzag backbone is in the paper plane (chemical bonds depicted as solid line segments) with the substituents either sticking out of the paper toward the viewer (chemical bonds depicted as solid wedges) or away from the viewer (chemical bonds depicted as dashed wedges).
