En philosophie, le naturalisme est la conception d'après laquelle tout ce qui existe – objets et événements – peut être expliqué par des causes ou des principes naturels. Écartant toute forme de transcendance, le naturalisme conçoit l'activité philosophique dans le prolongement de l'activité scientifique.
Le naturalisme ne doit être confondu ni avec le matérialisme, ni avec la Naturphilosophie de l'idéalisme allemand qui, au début du , prétendait donner une explication métaphysique à l'évolution du monde. Le matérialisme implique une forme de naturalisme mais l'inverse n'est pas vrai. En effet, le naturalisme n'est pas, contrairement au matérialisme, une position métaphysique sur la nature même du réel. Historiquement toutefois, ces deux conceptions du monde se sont développées conjointement.
Le naturalisme s'inscrit aujourd'hui en grande partie dans le contexte de la philosophie analytique qui, depuis son tournant « ontologique », ne consiste plus uniquement en l’analyse logique du langage mais, plus largement, en un discours argumentatif visant la compréhension du monde et de nous-mêmes en accord avec les données des sciences de la nature.
Le naturalisme s'inscrit dans une longue histoire, qui remonte à l'Antiquité, mais il est aussi devenu l'un des plus importants mouvements philosophiques actuels, largement prédominant dans les pays de langue anglaise. En France, nombre de scientifiques partagent aujourd'hui une perspective naturaliste, notamment dans le domaine des sciences cognitives et de la neurologie.
Dans l'Antiquité grecque et romaine, certains philosophes comme les stoïciens et les atomistes (Démocrite et Épicure notamment) refusent toute implication de forces ou d'entités surnaturelles. Pour eux, les dieux ne peuvent avoir un effet dans le monde naturel que s'ils font eux-mêmes partie du monde naturel. Il en va de même de l'âme humaine dont la notion est soit rejetée, soit « naturalisée ».
Les stoïciens, en particulier, justifient la succession des causes et des conséquences (nexus causarum) par une conception intégralement déterministe du monde s'appuyant sur la notion de « destin ».