Bacillus subtilis est une bactérie catalase-positive que l'on trouve habituellement dans le sol, mais c'est surtout une espèce ubiquitaire. Comme son embranchement l'indique, c'est une bactérie à gram +. Sa longueur varie de 2 à 4 μm et sa largeur de 0,5 à 2 μm. Elle a pour forme cellulaire des bâtonnets droits à bout arrondis. Elle est mobile grâce à une ciliature péritriche (un système de flagelle qui recouvre tous les côtés de la surface d'une bactérie). Elle est aérobie stricte, sa température optimale est de 40 °C (espèce mésophile) et son type trophique est chimiohétérotrophe. Enfin, son temps de génération est d'environ 26 minutes. Les conditions optimales de croissance de cette souche se situent pour un pH compris entre 5,5 et 8,5, et à une température de 10 °C à 50 °C. Comme d'autres espèces, B. subtilis peut se constituer une coque protectrice dure (endospore) lui permettant de tolérer des conditions environnementales difficiles ou extrêmes. Bacillus subtilis a été considérée comme aérobie stricte jusqu'en 1998. Il s'agit en fait d'une espèce aérobie facultative qui croît en utilisant du nitrate ou du nitrite comme accepteur d'électrons, ou par fermentation. Elle peut donc survivre à des changements de niveaux d'oxygène dans son environnement. B. subtilis peut produire ou co-produire des biofilms qui peuvent abriter d'autres espèces, éventuellement pathogènes. Elle n'est pas considérée comme pathogène pour l'homme, mais elle peut contaminer des aliments et peut exceptionnellement provoquer une intoxication alimentaire. Ses spores peuvent survivre à de très hautes températures, telles que celles communément utilisées pour cuire les aliments. Elle peut être responsable de la présence de zones collantes ou gluantes dans le pain. Néanmoins, une souche de B. subtilis (anciennement connu sous le nom Bacillus natto) est utilisée dans la production commerciale au Japon d'une préparation alimentaire appelée nattô. D'autres souches de B. subtilis ont d'autres applications commerciales. Par exemple, la souche B.

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