Couvre les bases des simulations de dynamique moléculaire, des propriétés d'ensemble, des formulations de mécanique classique, de l'intégration numérique, de la conservation de l'énergie et des algorithmes de contrainte.
Couvre la mécanique lagrangienne, une méthode simplifiant les équations du mouvement en se concentrant sur les concepts énergétiques et les forces généralisées dans les systèmes complexes.