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Chimie numérique
Concepts associés (59)
Fonctionnelle hybride
Une fonctionnelle hybride est un élément d'une classe d'approximations à la fonctionnelle d'échange-corrélation, introduite en 1993 par Axel Becke, utilisé au sein de la théorie de la fonctionnelle de la densité (DFT). La caractéristique de ces fonctionnelles est d'avoir une partie d'échange basée sur la méthode de Hartree-Fock (HF) dépendante des orbitales alors que la partie de corrélation est basée sur une autre approche (soit issue de méthodes ab-initio, soit (semi-)empirique).
Comparison of software for molecular mechanics modeling
This is a list of computer programs that are predominantly used for molecular mechanics calculations.
Energy minimization
In the field of computational chemistry, energy minimization (also called energy optimization, geometry minimization, or geometry optimization) is the process of finding an arrangement in space of a collection of atoms where, according to some computational model of chemical bonding, the net inter-atomic force on each atom is acceptably close to zero and the position on the potential energy surface (PES) is a stationary point (described later).
Coordonnée de réaction
En chimie, une coordonnée de réaction (ou coordonnée réactionnelle) est une coordonnée mono-dimensionnelle abstraite qui représente l'évolution d'un processus chimique le long d'un chemin de réaction. Cette coordonnée de réaction est usuellement un paramètre géométrique qui est modifié durant la conversion d'une ou plusieurs entités moléculaires ou autres objets chimiques. Ces coordonnées peuvent parfois représenter un système réel de coordonnées (comme la longueur de liaison chimique, l'angle de liaison chimique, etc.
Matrice de Fock
En chimie quantique, la matrice de Fock est une matrice approximant l' mono-électronique d'un système quantique donné dans un ensemble de vecteurs de base. Elle est le plus souvent construite en chimie numérique lors de la résolution des équations de Roothaan pour un système atomique ou moléculaire. La matrice de Fock est en fait une approximation de l'opérateur hamiltonien réel du système quantique. Il inclut les effets de la répulsion inter-électronique seulement en moyenne.
Energy profile (chemistry)
In theoretical chemistry, an energy profile is a theoretical representation of a chemical reaction or process as a single energetic pathway as the reactants are transformed into products. This pathway runs along the reaction coordinate, which is a parametric curve that follows the pathway of the reaction and indicates its progress; thus, energy profiles are also called reaction coordinate diagrams.
Parallel tempering
Parallel tempering, in physics and statistics, is a computer simulation method typically used to find the lowest energy state of a system of many interacting particles. It addresses the problem that at high temperatures, one may have a stable state different from low temperature, whereas simulations at low temperatures may become "stuck" in a metastable state. It does this by using the fact that the high temperature simulation may visit states typical of both stable and metastable low temperature states.
Protein design
Protein design is the rational design of new protein molecules to design novel activity, behavior, or purpose, and to advance basic understanding of protein function. Proteins can be designed from scratch (de novo design) or by making calculated variants of a known protein structure and its sequence (termed protein redesign). Rational protein design approaches make protein-sequence predictions that will fold to specific structures.
Dihydrogène (cation)
Le cation dihydrogène, également appelé ion moléculaire d'hydrogène, est l'espèce chimique de formule . C'est l'ion moléculaire le plus simple, composé de deux hydrons unis par un unique électron. Il se forme notamment dans le milieu interstellaire sous l'effet du rayonnement cosmique : rayon cosmique → + e− + rayon cosmique résiduel Ce cation dihydrogène donne rapidement naissance au cation trihydrogène en interagissant avec une molécule d'hydrogène : → + H· présente un intérêt théorique en ce sens que, n'ayant qu'un seul électron, il permet de résoudre assez simplement l'équation de Schrödinger sans tenir compte de la corrélation électronique, ce qui en fait un sujet d'étude simple pour introduire la chimie quantique des molécules.
Contamination de spin
En chimie numérique, la 'contamination de spin' est le mélange artificiel de plusieurs états de spins électroniques. Ce mélange peut se produire lorsqu'une fonction d'onde basée sur une fonction orbitalaire approchée est représentée sous une forme non restreinte - c'est-à-dire que les parties spatiales des spinorbitales α et β peuvent différer. Les fonctions d'onde approchées avec un fort degré de contamination de spin ne sont pas souhaitées.